Kľúčový rozdiel – nitrocelulóza vs. nylonová membrána
Blotting je dôležitá technika na detekciu špecifických sekvencií DNA, RNA a proteínov z ich zmesí v molekulárnej biológii. Vykonáva sa pomocou membrány nazývanej blot. Existujú rôzne techniky prenosu, ako je severný, južný a západný prenos. Výber správnej membrány pre proces blotovania by sa mal robiť opatrne, aby sa zabránilo nešpecifickej väzbe a nesprávnej detekcii. Nitrocelulóza, nylon a PVDF sú bežne používané membrány v blotovacích technikách. Majú rôzne vlastnosti. Kľúčový rozdiel medzi nitrocelulózou a nylonovou membránou je v tom, že nitrocelulózové membrány majú vysoký potenciál imobilizácie proteínov, zatiaľ čo nylonové membrány majú vysoký potenciál imobilizácie nukleových kyselín. Oba typy membrán sa však často používajú v technikách prenosu.
Čo je nitrocelulózová membrána?
Nitrocelulózová membrána je bežne používaný membránový filter v technikách prenosu nukleových kyselín a proteínov. Má vysoký potenciál viazať proteíny. Preto sú nitrocelulózové membrány široko používané v technike western blotting. Nitrocelulózové membrány sú kompatibilné so všetkými hybridizačnými technikami a vykazujú vynikajúce väzbové kapacity bez interferencií. Nitrocelulózové membrány sú prirodzene hydrofilné. Vytvárajú hydrofilnú interakciu s molekulami a účinne ich imobilizujú na membráne. Komerčné nitrocelulózové membrány sú dostupné v dvoch veľkostiach pórov: 0,45 a 0,2 µm.
Obrázok 01: Nitrocelulózová membrána používaná pri westernovom prenose
Čo je to nylonová membrána?
Nylonová membrána je ďalším typom komerčnej membrány používanej v technikách blotovania. Alternatívne sa používa s nitrocelulózovými membránami na južný a severný prenos. Nylonové membrány sú ideálne pre Southern blotting ako nitrocelulóza kvôli ich vysokej afinite k väzbe s DNA. Kvôli niekoľkým jedinečným vlastnostiam nylonových membrán výskumníci bežne používajú nylonové membrány na južný a severný prenos namiesto nitrocelulózovej membrány. Nylonové membrány sa na rozdiel od nitrocelulózy odporúčajú aj na odizolovanie a opätovné čistenie.
Obrázok 02: Nylonová membrána používaná na Southern blotting
Aký je rozdiel medzi nitrocelulózou a nylonovou membránou?
Nitrocelulóza vs Nylonová membrána |
|
| Nitrocelulózové membrány sú krehké. | Nylonové membrány sú menej krehké. |
| Manipulácia | |
| Ťažko sa s nimi manipuluje. | Jednoducho sa s nimi manipuluje. |
| Reprobing | |
| Nepodporované nitrocelulózové membrány sa ťažko skúšajú. | Reprobovanie je jednoduché s nylonovými membránami. |
| Kompatibilita s rôznymi podmienkami skladovania | |
| Nitrocelulózové membrány majú menšiu pevnosť, aby vydržali rôzne podmienky skladovania. | Nylonové membrány reagujú robustnejšie na rôzne podmienky skladovania. |
| Použiť | |
| Vyžaduje sa predvlhčenie. | Pre nylonové membrány sa nevyžaduje predvlhčenie. |
| Hydrofilná povaha | |
| Nitrocelulózové membrány sú svojou povahou hydrofilné, ale sú menej hydrofilné ako nylonové membrány. | Sú vysoko hydrofilné. |
| Potenciál imobilizácie | |
| Nitrocelulózové membrány majú menšiu afinitu k nukleovým kyselinám. Má však vysokú afinitu k bielkovinám. | Nylonové membrány majú vysoký väzbový potenciál s nukleovými kyselinami ako nitrocelulózové membrány. |
Zhrnutie – Nitrocelulóza vs Nylonová membrána
Nitrocelulózové a nylonové membrány sú špeciálne fólie používané v technike blotovania na reprodukciu pruhovaného vzoru na géli. Umožňujú možnosť detekcie špecifickej sekvencie alebo proteínu zo zmesí ich imobilizáciou na membráne. Akonáhle sú molekuly imobilizované na membráne, môžu sa použiť ako substrát na hybridizačnú analýzu so značenými sondami. Nitrocelulózová membrána sa bežne používa na detekciu proteínov v technike western blotting kvôli jej vysokej väzbovej afinite k proteínom. Nylonové membrány sa často používajú na južné a severné blotovanie. Toto je rozdiel medzi nitrocelulózovou a nylonovou membránou.
