Kľúčový rozdiel medzi primérom a promótorom je v tom, že primér je komerčne syntetizovaná krátka sekvencia DNA, ktorá sa používa v PCR na amplifikáciu cieľovej sekvencie DNA, zatiaľ čo promótor je špecifická sekvencia DNA, ktorá poskytuje bezpečné počiatočné väzbové miesto pre RNA polymeráza a transkripčné faktory na spustenie transkripcie.
Primér a promótor sú dva typy sekvencií DNA. Primér je malý fragment DNA potrebný na polymerázovú reťazovú reakciu (PCR). Má krátke nukleotidové sekvencie komplementárne k priľahlému koncu reťazca DNA. Existujú dva typy primérov a fungujú ako východiskové body pre syntézu nových reťazcov DNA. Naproti tomu promótor je špecifická sekvencia DNA umiestnená proti smeru transkripcie iniciačného miesta génu. Priamo interaguje so zložkami transkripčného mechanizmu, ako je RNA polymeráza a transkripčné faktory s cieľom kontrolovať transkripciu DNA. Preto sa RNA polymeráza a ďalšie transkripčné faktory viažu na promótorovú sekvenciu a iniciujú transkripciu.
Čo je primer?
Priméry sú krátke sekvencie DNA určené na amplifikáciu cieľových sekvencií DNA. Štruktúrne majú krátke nukleotidové sekvencie komplementárne k priľahlým koncom dvojvlákna DNA. Zvyčajne majú dĺžku okolo 20 nukleotidov. Počas PCR Taq polymeráza katalyzuje pridávanie nukleotidov do už existujúcej nukleotidovej sekvencie. Priméry teda slúžia ako východiskové body pre syntézu nových vlákien. Taq polymeráza pôsobí iba v smere 5' až 3'. Syntéza DNA teda tiež prebieha v rovnakom smere 5' až 3'. Pretože DNA je dvojvláknová, pri PCR sú potrebné dva typy primérov. Sú známe ako priamy primér a reverzný primér na základe smeru predĺženia priméru počas syntézy DNA.
Obrázok 01: Základné nátery
Dopredný primér aneluje s antisense reťazcom DNA a iniciuje syntézu + reťazca génu v smere od 5' do 3'. Má krátku nukleotidovú sekvenciu, ktorá je komplementárna k 3' priľahlému koncu antisense vlákna. Reverzný primér aneluje so sense reťazcom a iniciuje syntézu komplementárneho reťazca kódujúceho reťazca, ktorým je – reťazec génu v smere od 5' do 3'. Reverzný primér je teda navrhnutý ako komplementárny k 3' koncu kódujúceho vlákna. Reverzné aj dopredné priméry sú dôležité pre produkciu miliónov až miliárd kópií konkrétnych oblastí DNA, ktorá je zameraná alebo zainteresovaná.
Čo je propagátor?
Promótor je sekvencia DNA umiestnená v protismere alebo na 5′ konci od miesta iniciácie transkripcie génu. Poskytuje väzbové miesto pre RNA polymerázu a určité regulačné prvky, aby sa iniciovala transkripcia génu. Je to regulačná sekvencia potrebná na zapnutie alebo vypnutie génu. V promótore je špecifická nukleotidová sekvencia. Môže mať 100 až 1000 párov báz. Promótor ukazuje smer transkripcie. Okrem toho označuje zmyslové vlákno, ktoré by sa malo prepísať.
Obrázok 02: Promótor génu
Existujú tri typy promótorových prvkov ako jadrový promótor, proximálny promótor a distálny promótor. Jadrový promótor je minimálna časť promótora potrebná na iniciáciu transkripcie. Nachádza sa najviac proximálne od štartovacieho kodónu. TATA box je konzervovaná oblasť nachádzajúca sa v mnohých promótoroch eukaryotického jadra. Nachádza sa 25 až 35 párov báz upstream od miesta začiatku transkripcie. Proximálny promótor sa nachádza viac proti smeru prúdu od jadrového promótora. Vo všeobecnosti sa nachádza 250 párov báz proti smeru od štartovacieho kodónu a obsahuje primárne regulačné prvky. Distálny promótor sa nachádza pred proximálnym promótorom a obsahuje ďalšie regulačné prvky. Bakteriálne promótory majú vo svojich promótoroch dva krátke sekvenčné prvky. TATAAT je konsenzuálna sekvencia umiestnená na -10 bakteriálneho promótora, zatiaľ čo TTGACA je konsenzuálna sekvencia na -35. Sú známe ako -10 prvkov a -35 prvkov.
Aké sú podobnosti medzi primérom a promotérom?
- Primér a promótor sú dva typy sekvencií DNA.
- Pozostávajú z nukleotidových sekvencií.
- Primér aj promótor sú dôležité pre génovú expresiu.
Aký je rozdiel medzi primérom a promotérom?
Primér je krátka nukleotidová sekvencia určená na amplifikáciu cieľovej DNA. Naproti tomu promótor je špecifická regulačná sekvencia DNA, ktorá sa nachádza proti smeru transkripcie iniciačného miesta génu. Toto je kľúčový rozdiel medzi primérom a promótorom. Priméry sú dlhé asi 20 párov báz, zatiaľ čo promótor môže mať 100 až 1000 párov báz. Funkčne slúžia priméry ako štartovacie sekvencie pre syntézu nového vlákna, zatiaľ čo promótory riadia génovú transkripciu tým, že poskytujú väzbové miesta pre RNA polymerázu a iné transkripčné faktory.
Promótor je navyše definovaný ako smer transkripcie a označuje sense vlákno génu. Štrukturálne je primér krátka jednovláknová sekvencia DNA, zatiaľ čo promótor je dlhá dvojvláknová sekvencia DNA.
Informačná grafika nižšie uvádza ďalšie porovnania súvisiace s rozdielom medzi primerom a promótorom.
Súhrn – Primer vs. Promotér
Priméry sú krátke nukleotidové sekvencie komplementárne k priľahlým koncom dvojvlákna cieľovej DNA. V PCR sa používajú dva typy primérov. Slúžia ako štartovacie sekvencie pre syntézu nových vlákien. Priméry sú komerčne navrhnuté a ide o teplotne stabilné sekvencie. Na druhej strane, promótor je regulačná sekvencia génu umiestnená proti smeru transkripčného iniciačného miesta. Promótory riadia transkripciu génov. Poskytujú väzbové miesta pre RNA polymerázu a transkripčné faktory na spustenie transkripcie. Toto je zhrnutie rozdielu medzi primerom a promótorom.
