Kľúčový rozdiel – sonda vs. Primer
Molekulárna sonda je malý fragment DNA alebo RNA, ktorý rozpoznáva komplementárne sekvencie v DNA alebo RNA a umožňuje identifikáciu cieľovej sekvencie. Primer je malý úsek DNA alebo RNA, ktorý slúži ako východiskový bod pre syntézu DNA. Priméry a sondy hybridizujú s komplementárnymi nukleotidmi templátovej DNA alebo cieľovej DNA. Kľúčový rozdiel medzi sondou a primérom je však v tom, že priméry sú potrebné na replikáciu DNA, zatiaľ čo sondy sú potrebné na detekciu špecifických sekvencií vo vzorke DNA.
Čo je sonda?
Sonda je malý fragment DNA alebo RNA používaný na detekciu cieľovej DNA alebo RNA vo vzorke molekulárnou hybridizáciou. Sú tiež známe ako molekulárne markery. Dĺžka sondy sa môže meniť (100 až 1000 báz) a nukleotidy sondy sú komplementárne k časti cieľovej sekvencie. Pre uľahčenie detekcie sú sondy označené rádioaktívnymi izotopmi alebo fluorescenčnými farbivami alebo protilátkami. Sondy sa viažu na komplementárne bázy cieľovej sekvencie a odhaľujú prítomnosť cieľovej DNA alebo RNA vo vzorke. Existujú dva hlavné spôsoby označovania sond: koncové označovanie a preklad nicku. Sondy sú kategorizované do rôznych typov vrátane DNA sond, RNA sond, cDNa sond a syntetických oligonukleotidových sond a pripravujú sa pomocou rôznych techník.
Sondy sú dôležitými nástrojmi v mnohých mikrobiálnych a molekulárnych oblastiach, ako je virológia, forenzná patológia, testovanie otcovstva, DNA fingerprinting, detekcia genetických chorôb, RFLP, molekulárna cytogenetika, hybridizácia in situ atď.
Obrázok 01: Fluorescenčne označená sonda použitá v FISH na detekciu patogénu
Čo je Primer?
Primér je krátky fragment DNA alebo RNA, ktorý slúži ako iniciátor syntézy DNA. Enzým DNA polymeráza pridáva nukleotidy k 3' OH skupine primérovej sekvencie a syntetizuje nové vlákno komplementárne k templátovej DNA. Priméry sú veľmi krátke fragmenty s dĺžkou 18 až 20 nukleotidov. Sú chemicky syntetizované v laboratóriu na in vitro DNA amplifikáciu (PCR). Priméry môžu mať akúkoľvek sekvenciu nukleotidov, pretože sú navrhnuté používateľom. Sú syntetizované tak, aby sa zhodovali s komplementárnymi bázami templátovej DNA. Preto môže mať akúkoľvek sekvenciu nukleotidov. Priméry sú nanajvýš dôležité pre replikáciu DNA, pretože DNA polymeráza nemôže syntetizovať novú DNA bez už existujúcej časti DNA. Pri navrhovaní primerov pre PCR je potrebné zvážiť nasledujúce veci:
- Priméry by mali obsahovať komplementárne nukleotidy k priľahlému koncu DNA, ktorý sa chce amplifikovať.
- Priméry by mali mať teplotu topenia medzi 55 – 65 0C
- Obsah G a C by mal byť medzi 50 až 60 %.
Pri PCR sa používajú dva priméry ako priamy a reverzný na replikáciu oboch reťazcov vzorky DNA. Priméry sa bežne používajú na vykonávanie PCR a sekvenovanie DNA.
Obrázok 02: Žíhanie priméru v PCR
Aký je rozdiel medzi Probe a Primer?
Probe vs Primer |
|
| Sonda je malý fragment DNA/RNA používaný na detekciu prítomnosti cieľovej sekvencie vo vzorke molekulárnou hybridizáciou. | Primér je malý úsek DNA alebo RNA, ktorý slúži ako východiskový bod pre replikáciu DNA. |
| Function | |
| Toto deteguje prítomnosť špecifickej sekvencie vo vzorke DNA alebo RNA. | Toto funguje ako východiskový bod pre syntézu DNA. |
| Dĺžka | |
| Dĺžka môže byť v rozsahu 100 – 1000 báz | Dĺžka je vo všeobecnosti asi 18 – 20 báz |
| Väzba s komplementárnou sekvenciou | |
| Sonda hybridizuje s komplementárnymi bázami cieľovej sekvencie | Primér žíha s komplementárnymi bázami reťazcov DNA. |
| Označovanie | |
| Sondy sú označené pre ľahkú detekciu | Priméry vo všeobecnosti nie sú označené |
| Použiť v PCR | |
| Pri PCR sa nepoužívajú sondy | Priméry sa používajú v PCR |
Summary – Probe vs Primer
Probe je malý fragment sekvencie DNA alebo RNA, ktorý možno hybridizovať s komplementárnymi nukleotidmi na detekciu cieľovej sekvencie vo vzorke. Sondy sú označené rádioaktívne, imunologicky alebo fluorescenčne, aby sa zistila prítomnosť cieľovej sekvencie. Primér je veľmi malý fragment DNA alebo RNA, ktorý pôsobí ako východiskový bod pre in vitro amplifikáciu DNA. DNA polymeráza identifikuje primér 3'OH skupiny a iniciuje stavbu nového vlákna komplementárneho k templátu. Sondy a priméry fungujú podobne hybridizáciou s komplementárnymi nukleotidmi. Kľúčovým rozdielom medzi sondou a primerom je teda ich primárna funkcia.
