Kľúčový rozdiel medzi FISH a CGH je v tom, že FISH je molekulárna technika, ktorá deteguje špecifickú sekvenciu DNA na chromozóme pomocou fluorescenčne značených sond, zatiaľ čo CGH je ďalšia molekulárna cytogenetická technika, ktorá zisťuje zmeny v genómovej DNA.
Cytogenetická analýza hrá dôležitú úlohu v medicíne pri zisťovaní chromozomálnych abnormalít, ako sú aneuploidie, delécie, duplikácie a preskupenia atď. Chromozomálne abnormality nakoniec vedú ku genetickým ochoreniam, ako je rakovina, neplodnosť, Downov syndróm, Klinefelterov syndróm, Turnerov syndróm syndróm, leukémia a pod. Na detekciu vyššie uvedených defektov a ochorení existujú rôzne molekulárne cytogenetické metódy. Medzi nimi sú FISH (fluorescenčná hybridizácia in situ) a CGH (porovnávacia genómová hybridizácia) dve silné hybridizačné techniky. Obidva spôsoby však majú svoje výhody a nevýhody.
Čo je to RYBA?
FISH je technika hybridizácie nukleových kyselín vykonávaná na časti alebo časti tkaniva v celom tkanive alebo bunkách. Je to metóda založená na sonde. Technika závisí od teórie Watson Crickovho komplementárneho párovania báz, výsledkom čoho sú hybridy DNA – DNA alebo hybridy DNA – RNA, ktoré tak dokážu detegovať mutované gény alebo môžu identifikovať požadovaný gén. Ďalej táto technika využíva jednovláknové DNA sekvencie, dvojvláknové DNA sekvencie, jednovláknové RNA sekvencie alebo syntetické oligonukleotidy pripravené s použitím nick translácie ako sond, ktoré sú komplementárne k požadovaným génovým sekvenciám. Okrem toho najdôležitejšou vlastnosťou tejto techniky je značenie sond fluorescenčnými farbivami. Sondy sa teda viažu na komplementárne časti chromozómu a uľahčujú detekciu.
Navyše FISH je vysoko citlivá a špecifická metóda. Ide teda o bežnú techniku pri výskume a diagnostike hematologických malignít a solídnych nádorov. Ale FISH ukazuje nízke rozlíšenie. Na navrhnutie sekvencií sond si tiež vyžaduje predchádzajúce znalosti cieľovej abnormality.
Obrázok 01: RYBA
Existuje mnoho aplikácií FISH, najmä v molekulárnej diagnostike infekčných chorôb na identifikáciu prítomnosti patogénov a potvrdenie patogénu prostredníctvom molekulárnej diagnostiky. Okrem toho je FISH bežne používanou technikou v oblasti vývojovej biológie, karyotypizácie a fylogenetickej analýzy a fyzikálneho mapovania chromozómov.
Čo je CGH?
Porovnávacia genómová hybridizácia (CGH) je ďalšia molekulárna cytogenetická technika založená na DNA, ktorá dokáže odhaliť zmeny sekvencií genómovej DNA. Metóda je pokročilá metóda, ktorá dokáže analyzovať chromozómové a génové modifikácie na detekciu zmien alebo zmien v sekvenciách genómovej DNA. Ďalej CGH vyžaduje izoláciu a fragmentáciu DNA z experimentálnej vzorky a referenčnej vzorky. Potom by sa vzorky mali označiť pomocou dvoch rôznych fluorescenčných farbív (zvyčajne červené a zelené). Neskôr sa obe vzorky zmiešajú a nechajú sa kompetitívnou hybridizáciou. Posledným krokom je analýza vzoriek na zmeny v DNA, ako je duplikácia génu, strata génu atď. Najmä meria rozdiely v počte kópií DNA medzi testovanou vzorkou a kontrolnou vzorkou.
Obrázok 02: CGH
Teraz je k dispozícii ďalšia verzia CGH; je to pokročilejšia metóda ako normálny CGH. Je to technika nazývaná CGH na báze poľa alebo aCGH. aCGH umožňuje presnú identifikáciu génových alebo sekvenčných delécií v mnohých tisícoch sekvencií v jednom experimente.
Aké sú podobnosti medzi FISH a CGH?
- FISH a CGH sú dve molekulárne techniky.
- FISH aj CGH sa spoliehajú na hybridizáciu nukleových kyselín.
- Obe techniky tiež potrebujú navrhnuté sondy na detekciu špecifických cieľov DNA.
- Používame ich na prenatálnu a postnatálnu diagnostiku genetických chorôb.
- Navyše, FISH aj CGH sú veľmi silné nástroje na štúdium genómových zmien.
- Na označenie sond používajú fluorescenčné farbivá.
Aký je rozdiel medzi FISH a CGH?
FISH je hybridizačný postup in situ, ktorý využíva fluorescenčné sondy na detekciu špecifických sekvencií DNA, zatiaľ čo CGH je technika molekulárnej hybridizácie, ktorá deteguje zmeny sekvencií genómovej DNA. Toto je kľúčový rozdiel medzi FISH a CGH.
Navyše, FISH vyžaduje predchádzajúce znalosti cieľovej abnormality na navrhnutie sekvencií sond, zatiaľ čo CGH nevyžaduje predchádzajúce znalosti. Ďalší rozdiel medzi FISH a CGH je v tom, že FISH vykazuje obmedzené rozlíšenie, zatiaľ čo aCGH ukazuje vysoké rozlíšenie.
Nasledujúca infografika sumarizuje rozdiel medzi FISH a CGH.
Zhrnutie – FISH vs CGH
FISH a CGH sú dve molekulárne cytogenetické techniky, ktoré uľahčujú detekciu požadovaných génových sekvencií. FISH uľahčuje detekciu špecifickej sekvencie DNA na chromozóme pomocou fluorescenčne značených sond, zatiaľ čo CGH uľahčuje detekciu zmien v genómovej DNA. Toto je kľúčový rozdiel medzi FISH a CGH.
