Kľúčový rozdiel medzi CGH a maticou CGH je v tom, že CGH je tradičná molekulárna cytogenetická metóda na analýzu variácií počtu kópií v DNA testovanej vzorky, ktorá má nižšie rozlíšenie, zatiaľ čo matica CGH je plne automatizovaná molekulárna cytogenetická metóda pre analýza variácií počtu kópií v DNA testovanej vzorky, ktorá má vyššie rozlíšenie.
CGH a pole CGH sú dve techniky na zistenie variácií počtu kópií u jednotlivcov. Variácia počtu kópií sa týka častí genómu, ktoré sa opakujú. Počet kópií sa medzi jednotlivcami líši. Variácie počtu kópií sa vo všeobecnosti kategorizujú do dvoch skupín: krátke opakovania a dlhé opakovania. Jedným z najznámejších príkladov krátkej variácie počtu kópií je opakovanie trinukleotidu CAG v géne huntingtínu. To spôsobuje neurologickú poruchu nazývanú huntingtín. Najlepším príkladom variácie počtu kópií dlhých opakovaní je gén alfa amylázy, ktorý spôsobuje inzulínovú rezistenciu. Variácie počtu kópií možno zistiť technikami, ako sú FISH, CGH a pole CGH.
Čo je CGH?
CGH je tradičná molekulárna cytogenetická metóda na analýzu variácií počtu kópií v DNA testovanej vzorky v porovnaní s referenčnou vzorkou. Má nižšie rozlíšenie v porovnaní s automatizovanými technikami. Cieľom tejto techniky je rýchlo a efektívne porovnať dve vzorky genómovej DNA, ktoré pochádzajú z rôznych zdrojov.
Obrázok 01: CGH
Postup zahŕňa izoláciu DNA z dvoch zdrojov: test a referencia. Ďalším krokom je nezávislé značenie testovaných a referenčných vzoriek DNA fluorofórmi rôznych farieb. Neskôr boli tieto dve vzorky DNA denaturované, aby sa získali vzorky jednovláknovej DNA. Nakoniec sa uskutočnila hybridizácia dvoch výsledných vzoriek DNA v pomere 1:1 k normálnemu metafázovému šíreniu chromozómov. Chromozomálne rozdiely možno identifikovať medzi týmito dvoma zdrojmi pomocou fluorescenčného mikroskopu a počítačového softvéru. Okrem toho je technika CGH schopná odhaliť iba nevyvážené chromozomálne abnormality.
Čo je Array CGH?
Array CGH je plne automatizovaná molekulárna cytogenetická metóda na analýzu variácií počtu kópií v DNA testovanej vzorky v porovnaní s referenčnou vzorkou. Má vyššie rozlíšenie a bol vyvinutý s cieľom minimalizovať obmedzenia tradičného CGH. Pole CGH kombinuje princípy CGH s použitím microarrays. Namiesto použitia metafázových chromozómov táto metóda používa ako ciele sklíčka usporiadané s malými segmentmi DNA. Tieto mikročipy boli vyrobené nanesením a imobilizáciou malého množstva DNA (sond) na pevný sklenený podklad. Veľkosť sond sa môže líšiť od oligonukleotidu po umelý bakteriálny chromozóm.
Obrázok 02: Pole CGH
Bez ohľadu na sondy je základná metóda poľa CGH podobná CGH. Akonáhle sú sondy obsahujúce microarray pripravené, dve vzorky DNA (testovacia a referenčná) označené fluorofórmi rôznych farieb sa zmiešajú a pridajú do microarray. Pretože DNA vo vzorkách je jednovláknová v dôsledku denaturácie, táto DNA hybridizuje s usporiadanými jednovláknovými sondami. Pomocou digitálneho zobrazovacieho systému je možné identifikovať chromozomálne rozdiely medzi týmito dvoma zdrojmi.
Aké sú podobnosti medzi CGH a Array CGH?
- CGH a pole CGH sú dve techniky na zistenie variácií počtu kópií.
- Sú to molekulárne cytogenetické metódy.
- Obe metódy diagnostikujú nevyvážené chromozomálne abnormality.
- Fluorofóry sú zahrnuté v oboch metódach.
- Obe metódy možno použiť na zistenie genetických porúch v dôsledku variácií počtu kópií.
- Sú široko používané v komparatívnej genómovej analýze.
Aký je rozdiel medzi CGH a Array CGH?
CGH je tradičná molekulárna cytogenetická metóda na analýzu variácií počtu kópií v DNA testovanej vzorky, ktorá má nižšie rozlíšenie, zatiaľ čo array CGH je plne automatizovaná molekulárna cytogenetická metóda na analýzu variácií v počte kópií v DNA testovanej vzorky ktorý má vyššie rozlíšenie. Toto je kľúčový rozdiel medzi CGH a CGH poľa. Okrem toho v CGH testované a referenčné vzorky DNA hybridizujú s normálnym metafázovým šírením chromozómov, ale v čipe CGH testované a referenčné vzorky DNA hybridizujú s imobilizovanými DNA sondami obsahujúcimi microarray.
Nasledujúca infografika uvádza rozdiely medzi CGH a poľom CGH v tabuľkovej forme na porovnanie vedľa seba.
Zhrnutie – CGH vs. Array CGH
CGH a array CGH sú dve molekulárne cytogenetické techniky na detekciu nevyvážených chromozomálnych abnormalít. Sú široko používané v komparatívnej genómovej analýze. CGH je tradičná molekulárna cytogenetická metóda na analýzu variácií počtu kópií v DNA testovanej vzorky, ktorá má nižšie rozlíšenie. Na rozdiel od toho je čip CGH plne automatizovaná molekulárna cytogenetická metóda na analýzu variácií počtu kópií v DNA testovanej vzorky, ktorá má vyššie rozlíšenie. Toto sumarizuje rozdiel medzi CGH a poľom CGH.
