Kľúčový rozdiel medzi cielenou a necielenou proteomikou je v tom, že cielená proteomika sa zameriava na meranie množstva špecifického proteínu, zatiaľ čo necielená proteomika sa nezameriava na konkrétny proteín.
Proteomika je rozsiahle štúdium proteínov, ich štruktúr a funkcií. Študuje celý proteínový komplement v bunke, tkanive alebo organizme za špecifických podmienok. Existujú dva typy proteomiky ako cielená proteomika a necielená proteomika.
Čo je cielená proteomika?
Ako už názov napovedá, cielená proteomika sa zameriava na špecifický proteín alebo peptid v komplexnej zmesi proteínov na analýzu. Potom analyzuje prítomnosť a množstvo tohto vopred vybraného špecifického proteínu. Táto metóda je možná len pre jednu vzorku alebo pre viacero vzoriek. Táto metóda je vhodná aj pre špecifickú skupinu proteínov. Výsledkom sú presnejšie, kvantitatívne a citlivejšie údaje. Navyše hmotnostná spektrometria spojená s cielenou proteomikou poskytuje presnejšie spoľahlivé merania. Táto metóda využíva na svoju analýzu trojitý kvadrupólový hmotnostný spektrometer (QQQ).
Obrázok 01: Proteomika
Cielená proteomika je vhodná metóda, ak chcete overiť, či je knockdown cieľ skutočne zrazený, alebo keď chcete kvantifikovať konkrétny proteín/peptid v krvnom sére, mozgovej tekutine alebo v bunkovom lyzáte atď. použite ho, ak chcete skontrolovať, či je konkrétny proteín rozdielne exprimovaný vo vzorkách alebo počas experimentu s časovým priebehom.
Čo je necielená proteomika?
Necielená proteomika, ako už názov napovedá, nezameriava na analýzu špecifický proteín alebo peptid. Discovery proteomics je iný názov pre Untargeted proteomics. V skutočnosti ide o „globálnejšiu“analýzu. Vo všeobecnosti je vykonávanie necielenej proteomiky odpoveďou na otázku „aký proteín alebo proteíny sú v tejto vzorke alebo viacerých vzorkách?“. Táto metóda nie je citlivá ako cielená proteomika. Dokáže však identifikovať a merať mnoho proteínov vrátane nových proteínov. Necielená proteomika môže produkovať kvantitatívne aj kvalitatívne merania.
Aké sú podobnosti medzi cielenou a necielenou proteomikou?
- Cielená aj necielená proteomika meria proteíny vo vzorkách.
- Sú dôležité pri analýze proteómu.
- Tieto metódy využívajú hmotnostnú spektrometriu.
Aký je rozdiel medzi cielenou a necielenou proteomikou?
Po prvé, cielená proteomika je stanovenie prítomnosti a množstva konkrétneho proteínu alebo peptidu v komplexnej zmesi proteínov. Na rozdiel od toho, necielená proteomika je kvantitatívna a kvalitatívna štúdia proteínov prítomných vo vzorke alebo vzorkách bez zacielenia na konkrétny proteín. Cielená proteomika sa vykonáva s vopred vybranými alebo cielenými proteínmi, zatiaľ čo necielená proteomika sa vykonáva na zistenie typov proteínov v tejto vzorke. Navyše, cielená proteomika je citlivejšia ako necielená proteomika.
Summary – cielená verzus necielená proteomika
Aby som to zhrnul, cielená a necielená proteomika sú dva typy proteínových štúdií. Ako naznačuje ich názov, cielená proteomika sa zameriava na špecifický proteín, zatiaľ čo necielená proteomika sa nezameriava na špecifický proteín. Toto je rozdiel medzi cielenou a necielenou proteomikou.
