Kľúčový rozdiel medzi hierarchickým a celogenómovým sekvenovaním brokovnicou je v tom, že pri hierarchickom sekvenovaní brokovníc sa genóm pred sekvenovaním rozdelí na väčšie fragmenty, zatiaľ čo pri celogenómovom brokovníckom sekvenovaní sa celý genóm rozdelí na malé fragmenty na sekvenovanie.
Sekvenovanie je dôležitá technika v molekulárnych procesoch, najmä pri presnej identifikácii druhov. V skutočnosti je to technika identifikácie presného poradia nukleotidov v géne alebo genóme. Existuje mnoho techník na sekvenovanie. Niektoré z nich zahŕňajú metódu Maxama Gilberta, metódu Sanger a automatizovanú metódu Sanger.
Čo je hierarchické sekvenovanie brokovníc?
Hierarchické sekvenovanie brokovníc je jednou z metód sekvenovania. Nazýva sa aj „sekvenovanie zhora nadol“. Ďalej táto metóda pozostáva z dvoch krokov: prvým krokom je amplifikácia genómu a druhým krokom je fragmentácia genómu. Pri tejto metóde sa genóm najprv rozdelí na veľké fragmenty. Po ňom nasleduje klonovanie týchto veľkých fragmentov do rôznych hostiteľov pomocou vektorov alebo umelých chromozómov. Potom sú tieto rekombinantné vektory usporiadané do knižnice. Počas sekvenovania pomocou brokovnice sa klony rekombinantného vektora sekvenujú individuálne. Fragmenty v klonoch prechádzajú reštrikčným štiepením, aby sa ďalej zmenšila veľkosť genómu, čím sa sekvenuje.
Obrázok 01: Hierarchické poradie brokovnice
Počas hierarchického sekvenovania brokovnice musia byť veľké kusy fragmentov usporiadané v poradí pred sekvenovaním brokovnice. Prebieha pomocou molekulárnych markerov, ktoré sú začlenené počas procesu klonovania.
Hierarchické sekvenovanie brokovníc vytvára génovú mapu s nízkym rozlíšením. Ale vytvára usporiadanú sekvenčnú mapu. Trvá to teda dlhšie ako priame sekvenovanie. Celý proces sa oneskoruje kvôli vytváraniu knižnice rekombinantných vektorov. Je to tiež technika náročná na prácu. V súčasnosti je však táto technika automatizovaná, aby sa uľahčila práca.
Čo je sekvenovanie brokovnice celého genómu?
Sekvenovanie celého genómu brokovnicou je jednokrokový proces sekvenovania. V tomto procese najskôr prebieha strihanie celého genómu. Potom sa každý z týchto malých fragmentov náhodne sekvenuje. Po dokončení sekvenovania sa uskutoční analýza sekvencií. Počas sekvenčnej analýzy sa prekrývajúce sa sekvencie odstránia a analýza nie je usporiadaným procesom. Preto je zostavovanie sekvencií menej efektívny proces v porovnaní s hierarchickým sekvenovaním brokovníc. Proces sekvenovania celého genómu brokovnicou je však rýchlejší a analýza celého genómu môže prebiehať v jedinom prípade.
Aké sú podobnosti medzi hierarchickým a celým genómovým sekvenovaním brokovnice?
- Hierarchické a celogenómové sekvenovanie brokovnicou sú dva sekvenačné prístupy.
- Obe podstupujú Sangerovo sekvenovanie alebo automatizované Sangerove sekvenčné metódy.
- Podieľajú sa na sekvenovaní fragmentov DNA a RNA.
- Obidve metódy sú navyše dôležité v molekulárnej diagnostike a na výskumné účely.
- V súčasnosti sú obe techniky automatizované alebo založené na počítači.
- Obe techniky sa spoliehajú na fragmentáciu genómu.
Aký je rozdiel medzi hierarchickým a celým genómovým sekvenovaním brokovnice?
Hierarchické sekvenovanie brokovnicou generuje fragmenty väčšej veľkosti v porovnaní s celogenómovým sekvenovaním brokovnicou, ktoré pracuje s malými fragmentmi sekvencií. Toto je kľúčový rozdiel medzi hierarchickým a celogenómovým sekvenovaním brokovnice. Okrem toho hierarchické sekvenovanie brokovnice pozostáva z dvoch hlavných krokov, zatiaľ čo sekvenovanie celogenómovej brokovnice sa spolieha na jeden hlavný krok.
Ďalším rozdielom medzi hierarchickým a celogenómovým sekvenovaním brokovnice je to, že rozlíšenie je vyššie v celogenómovom sekvenovaní brokovnice v porovnaní s hierarchickým sekvenovaním brokovnice.
Nasledujúca infografika sumarizuje rozdiel medzi hierarchickým a celogenómovým sekvenovaním brokovnice.
Zhrnutie – Hierarchické verzus sekvenovanie brokovnice s celým genómom
Hierarchické a celogenómové sekvenovanie brokovnicou sú dve techniky na sekvenovanie veľkých genómov. Hierarchická sekvencia brokovnice je dvojkrokový proces sekvenovania, kde je genóm rozdelený na väčšie fragmenty. Na rozdiel od toho sekvenovanie celogenómovej brokovnice je jednokrokové sekvenovanie, kde je genóm rozdelený na malé fragmenty a priamo sekvenovaný. Toto je kľúčový rozdiel medzi hierarchickým a celogenómovým sekvenovaním brokovnice. Okrem toho sa technické aspekty môžu medzi týmito dvoma technikami líšiť.
