Kľúčový rozdiel medzi Shine Dalgarnovou a Kozakovou sekvenciou je v tom, že Shine Dalgarnova sekvencia je ribozomálne väzbové miesto v bakteriálnej a archaálnej messenger RNA, zatiaľ čo Kozakova sekvencia je miesto iniciácie proteínovej translácie vo väčšine eukaryotických messengerových RNA.
Shine Dalgarnova a Kozakova sekvencia sú dve konsenzuálne sekvencie, ktoré sú veľmi dôležité pre iniciáciu translácie. V molekulárnej biológii je translácia proces, ktorým ribozómy v cytoplazme syntetizujú proteíny po procese transkripcie. Pri translácii je mRNA (messenger RNA) dekódovaná v ribozóme, aby sa vytvoril špecifický reťazec aminokyselín mimo jadra. Typicky ribozóm indukuje dekódovací proces uľahčením väzby komplementárnych tRNA antikodónových sekvencií na mRNA kodóny. Preklad prebieha v troch fázach: iniciácia, predĺženie a ukončenie.
Čo je Shine Dalgarno Sequence?
Shine Dalgarnova sekvencia je ribozomálne väzbové miesto v bakteriálnej a archaálnej messenger RNA. Vo všeobecnosti sa nachádza okolo 8 báz pred štartovacím kodónom AUG. Táto sekvencia RNA pomáha pri získavaní ribozómov do mediátorovej RNA zarovnaním ribozómu so štartovacím kodónom mRNA. Tak iniciuje syntézu bielkovín. Po nábore môže tRNA pridávať aminokyseliny v sekvencii, ako to diktujú kodóny mRNA. Táto špeciálna sekvencia je bežná u baktérií, ale zriedkavejšia u archaea. Okrem toho je prítomný aj v chloroplastoch a mitochondriálnych transkriptoch. Sekvenciu Shine Dalgarno prvýkrát navrhli austrálski vedci John Shine a Lynn Dalgarno. Šesťbázová konsenzuálna sekvencia je AGGAGG. Napríklad v Escherichia coli je sekvencia AGGAGGU.
Obrázok 01: Shine Dalgarno Sequence
Výber iniciačného miesta (AUG) závisí od interakcie medzi podjednotkou 30S ribozómu a templátom mRNA. Oblasť bohatá na pyrimidín na zložke 16srRNA podjednotky 30S sa viaže na oblasť bohatú na purín známu ako sekvencia Shine Dalgarno proti smeru od iniciačného kodónu AUG v mRNA. Okrem toho sa počas tvorby iniciačného komplexu tieto komplementárne nukleotidové sekvencie párujú za vzniku dvojvláknovej štruktúry RNA. To uľahčuje väzbu mRNA na ribozóm takým spôsobom, že iniciačný kodón je umiestnený na P mieste ribozómu.
Čo je Kozakova sekvencia?
Kozakova sekvencia je miesto iniciácie translácie proteínu vo väčšine eukaryotických mRNA. Táto sekvencia sa tiež nazýva Kozakova konsenzuálna sekvencia. Kozakova sekvencia je optimálnou sekvenciou na iniciáciu translácie v eukaryotoch. Táto sekvencia je integrálnym aspektom regulácie proteínov. Je tiež veľmi dôležitý pre celkové zdravie buniek. Pomáha opraviť proteínovú transláciu z genetických správ tým, že sprostredkuje zostavenie ribozómov a iniciáciu translácie.
Obrázok 02: Kozakova sekvencia
Táto sekvencia bola pomenovaná po vedkyni, ktorá ju objavila, Marilyn Kozakovej. Objavila to podrobnou analýzou genómových sekvencií DNA. Kozakova sekvencia je 5' (gcc) gccRccAUGG-3'. Veľké písmená označujú zachované základy, zatiaľ čo malé písmená označujú spoločné variabilné základy. R označuje purín (adenín alebo guanín), ktorý je vždy umiestnený v tomto mieste.
Aké sú podobnosti medzi Shine Dalgarno a Kozakovou sekvenciou?
- Shine Dalgarno a Kozakova sekvencia sú dve konsenzuálne sekvencie, ktoré sú veľmi dôležité pri iniciácii translácie.
- Obe sú sekvencie RNA.
- Menšia podjednotka ribozómu sa viaže na obe sekvencie.
- Obe sekvencie sprostredkovávajú správne zostavenie ribozómov a iniciáciu translácie.
- Sú neoddeliteľnými aspektmi regulácie bielkovín a celkového bunkového zdravia.
Aký je rozdiel medzi Shine Dalgarno a Kozak Sequence?
Shine Dalgarno sekvencia je ribozomálne väzobné miesto nachádzajúce sa v bakteriálnej a archaálnej messenger RNA, zatiaľ čo Kozakova sekvencia je miesto iniciácie proteínovej translácie, ktoré sa nachádza vo väčšine eukaryotických messenger RNA. Toto je kľúčový rozdiel medzi sekvenciou Shine Dalgarno a Kozak. Okrem toho, sekvencia Shine Dalgarno je 5'AGGAGGU3', zatiaľ čo sekvencia Kozaka je 5' (gcc) gccRccAUGG-3'.
Nasledujúca infografika uvádza rozdiely medzi sekvenciou Shine Dalgarno a Kozak v tabuľkovej forme na porovnanie vedľa seba.
Zhrnutie – Shine Dalgarno vs Kozak Sequence
Shine Dalgarno a Kozak sekvencie sú dve konsenzuálne RNA sekvencie, ktoré sú veľmi dôležité pre zostavenie ribozómov a iniciáciu translácie. Shine Dalgarno sekvencia je ribozomálne väzobné miesto v bakteriálnej a archaálnej messengerovej RNA, zatiaľ čo Kozakova sekvencia je miesto iniciácie proteínovej translácie vo väčšine eukaryotických messenger RNA. Toto sumarizuje rozdiel medzi sekvenciou Shine Dalgarno a Kozak.
