Kľúčový rozdiel medzi kontigom a lešením je v tom, že kontig nemá medzery, zatiaľ čo lešenie pozostáva z kontigov a medzier.
Sekvenovanie genómu mnohobunkových organizmov je veľmi ťažké v porovnaní so sekvenovaním jednobunkových organizmov. Sekvenovanie celogenómovej brokovnice je jednoduchá a rýchla technika sekvenovania genómu pre mnohobunkové genómy. Je to metóda, ktorá paralelne sekvenuje veľa prekrývajúcich sa fragmentov DNA. Pri tejto metóde sú malé fragmenty zostavené do väčších fragmentov a potom do väčších kontigov pomocou počítača. Potom sú kontigy zostavené do skafoldov a nakoniec do chromozómu. Contig je teda kontinuálny úsek nukleotidových sekvencií, zatiaľ čo skafold je časť genómu pozostávajúca z kontigov a medzier. Contig aj skafold sú rekonštruované genómové sekvencie.
Čo je Contig?
Contig je genómová sekvencia. Je to súvislý úsek sekvencií zložených z A, C, G a T báz. Vzniká spojením niekoľkých malých prekrývajúcich sa kúskov DNA do dlhšej sekvencie. Jednoducho povedané, contig je zostava množiny sekvenčných fragmentov. Vytváranie kontigov zahŕňa identifikáciu prekrývajúcich sa sekvenčných fragmentov založenú na lokálnom porovnávaní reťazcov a metódach zarovnania, ktoré identifikujú prekrývajúce sa konce sekvencií.
Kontigy nemajú medzery. Je súčasťou lešenia. Pri vytváraní lešenia sa kontigy spájajú reťazou. Vyžaduje si ďalšie informácie o relatívnej polohe a orientácii kontigov v genóme. Medzery oddeľujú kontigy v lešení. V zásade je zostava kontigov dôležitým krokom v sekvenovaní celogenómovej brokovnice. Kontigy sú nakoniec zostavené do kompletnej genómovej sekvencie. Zostavenie kontigov zvyčajne vyžaduje pochopenie algoritmov pri porovnávaní reťazcov a zarovnávaní sekvencií.
Čo je lešenie?
Scaffold je rekonštruovaná genómová sekvencia z end-sekvenovaných klonov brokovnice s celým genómom. Štrukturálne sa lešenie skladá z kontigov a medzier. Preto sa lešenia vytvárajú reťazením kontigov dohromady a ich oddelením medzerami. Vytvorenie lešenia potrebuje informácie týkajúce sa relatívnej polohy a orientácie kontigov v genóme. Cieľom zostavy brokovnice s celým genómom je reprezentovať každú genómovú sekvenciu v jednom lešení. Nie je to však celkom možné. Preto môže byť jeden chromozóm reprezentovaný niekoľkými skafoldmi. Niekedy sa môžu lešenia prekrývať. Navyše, niektoré lešenia je možné počas montáže odfiltrovať.
Obrázok 02: Prehľad zostavy brokovnice s celým genómom
Dĺžka medzery lešenia neukazuje jej skutočnú dĺžku. Vo všeobecnosti sú medzery ľubovoľne nastavené na určité pevné dĺžky. Preto tieto medzery a neistoty v ich dĺžkach vytvárajú problémy s pochopením skutočných priestorových vzťahov funkčných prvkov v genómoch a skutočného rozsahu chýbajúcich informácií. Niekedy medzery predstavujú chýbajúce genomické informácie.
Aké sú podobnosti medzi Contigom a lešením?
- Contig a skafold sú genómové sekvencie zložené z nukleotidových sekvencií.
- Lešenia sa skladajú z kontigov a medzier.
Aký je rozdiel medzi Contigom a lešením?
Kontig je súvislá sekvencia zostavená zo sady sekvenčných fragmentov. Na rozdiel od toho, skafold je časť genómovej sekvencie rekonštruovaná zreťazením kontigov dohromady. Toto je kľúčový rozdiel medzi kontigom a lešením. Okrem toho kontigy nemajú medzery, zatiaľ čo kontigy v lešení sú oddelené medzerami.
Infografika nižšie uvádza ďalšie rozdiely medzi kontigom a lešením.
Summary – Contig vs Scaffold
Contig aj skafold sú rekonštruované nukleotidové sekvencie v projektoch sekvenovania celého genómu. Contig je súvislý úsek genómovej sekvencie obsahujúcej A, C, G a T bázy bez medzier. Scaffold je genómová sekvencia pozostávajúca z kontigov a medzier. Najkratšie komponenty zostavy sú teda kontigy, zatiaľ čo lešenia sú zostavy kontigov. Nakoniec sa skafoldy zostavia do chromozómov v sekvenovaní celého genómu. Toto sumarizuje rozdiel medzi kontigom a lešením.
