Kľúčový rozdiel medzi MLVA a MLST je v tom, že MLVA používa polymorfizmus tandemovo opakovaných sekvencií DNA na charakterizáciu mikrobiálnych druhov, zatiaľ čo MLST používa polymorfizmus sekvencií DNA vnútorných fragmentov viacerých génov pre údržbu na charakterizáciu mikrobiálnych druhov.
Mikrobiálna typizácia sa bežne používa na určenie zdroja a ciest infekcií. Potvrdzuje alebo vylučuje ohniská. Mikrobiálna typizácia tiež sleduje krížový prenos patogénov spojených so zdravotnou starostlivosťou a rozpoznáva virulentné kmene. Okrem toho mikrobiálna typizácia hodnotí účinnosť kontrolných opatrení patogénnych mikrobiálnych druhov. MLVA a MLST sú dve molekulárne biologické techniky používané pri mikrobiálnej typizácii.
Čo je MLVA?
VNTR analýza viacerých lokusov (MLVA) je molekulárna biologická metóda, ktorá využíva polymorfizmus tandemovo sa opakujúcich sekvencií DNA na charakterizáciu mikrobiálnych druhov. Je to metóda používaná na genetickú analýzu konkrétnych mikrobiálnych druhov.
Počas prvého kroku MLVA sa každý cielený lokus VNTR amplifikuje pomocou PCR s ohraničujúcimi primérmi špecifickými pre oblasť. Potom sa získané fragmenty oddelia podľa veľkosti elektroforézou na kapilárnom sekvenátore. Genotypizácia každého lokusu a výsledky zostavené z každej vzorky umožňujú charakterizovať mikroorganizmus, ktorého druh je známy. Umožňuje tiež identifikáciu poddruhu pomocou typizácie alel a porovnania s databázami MLVA.
Obrázok 01: MLVA
Táto metóda MLVA je selektívnejšia ako metóda MLST. Okrem toho metóda MLVA nevyžaduje krok sekvenovania DNA. Umožňuje teda rozlíšiť blízke poddruhy alebo klonálne druhy.
Čo je MLST?
Typovanie multilokusových sekvencií (MLST) je technika, ktorá využíva polymorfizmus sekvencií DNA vnútorných fragmentov viacerých prevádzkových génov na charakterizáciu mikrobiálnych druhov. MLST je technika v genetickej analýze na typizáciu viacerých lokusov.
Obrázok 02: MLST
Je to typ sekvenčnej typizácie používaný ako referenčná technika na rozlíšenie rôznych kmeňov mikrobiálnych druhov. Táto metóda je založená na sekvenovaní housekeeping génov. Domáce gény normálne kódujú esenciálne proteíny mikrobiálnych činidiel, ako je napríklad baktéria. Tieto sekvencie prevádzkových génov sa vyznačujú tým, že v priebehu času predstavujú stabilný polymorfizmus. Preto sú rozdiely v sekvenciách housekeeping génov dostatočné na rozlíšenie kmeňov od seba navzájom. Okrem toho prvou schémou MLST, ktorá bola vyvinutá, bola Neisseria meningitidis, pôvodca meningokokovej meningitídy a septikémie. Od svojho zavedenia sa MLST používa nielen pre ľudské patogény, ale aj pre rastlinné patogény.
Aké sú podobnosti medzi MLVA a MLST?
- MLVA a MLST sú dve molekulárne biologické techniky používané pri mikrobiálnej typizácii.
- Obe techniky možno použiť na mikrobiálnu fylogenetickú analýzu.
- Obe techniky sú založené na genetickom polymorfizme.
- Dajú sa použiť na detekciu ľudských chorôb spôsobujúcich mikrobiálne patogény.
- Obe techniky by mali vykonávať skúsení molekulárni biológovia.
Aký je rozdiel medzi MLVA a MLST?
MLVA je technika, ktorá využíva polymorfizmus tandemovo opakovaných sekvencií DNA na charakterizáciu mikrobiálnych druhov. Medzitým je MLST technika, ktorá využíva polymorfizmus sekvencií DNA vnútorných fragmentov viacerých prevádzkových génov na charakterizáciu mikrobiálnych druhov. Toto je kľúčový rozdiel medzi MLVA a MLST. Okrem toho je metóda MLVA selektívnejšia ako metóda MLST.
Nižšie uvedená infografika predstavuje rozdiely medzi MLVA a MLST v tabuľkovej forme na porovnanie vedľa seba.
Zhrnutie – MLVA vs MLST
MLVA a MLST sú dve molekulárne biologické techniky používané pri mikrobiálnej typizácii. MLVA používa polymorfizmus tandemovo opakovaných sekvencií DNA na charakterizáciu mikrobiálnych druhov, zatiaľ čo MLST používa polymorfizmus sekvencií DNA vnútorných fragmentov viacerých génov pre údržbu na charakterizáciu mikrobiálnych druhov. Toto je kľúčový rozdiel medzi MLVA a MLST.
