Kľúčový rozdiel medzi xylénkyanolom a brómfenolovou modrou je ten, že v 1% agarózovom géli xylénkyanol migruje pomalšie, zatiaľ čo brómfenolová modrá migruje rýchlejšie.
Xylénkyanol a brómfenolová modrá sú dôležité ako farebné značky, ktoré možno použiť pri monitorovaní procesu elektroforézy na agarózovom géli a elektroforézy na polyakrylamidovom géli.
Čo je xylénkyanol?
Xylénkyanol je elektroforetický farebný marker alebo sledovacie farbivo. Je užitočný pri monitorovaní procesu elektroforézy na agarózovom géli a elektroforézy na polyakrylamidovom géli. Keď sa táto látka zmieša so vzorkou, koncentrácia tejto látky sa zvyčajne stane okolo 0.005 % až 0,03 %. Niektoré synonymá, ktoré môžeme použiť pre xylénkyanol, zahŕňajú Acid Blue 147, xylénkyanol, xylénkyanol FF, xylénkyanol FF atď.
Chemický vzorec tejto zlúčeniny je C25H27N2NaO 6S2 Molárna hmotnosť xylénkyanolu je 538,61 g/mol. Táto látka môže migrovať rýchlosťou asi 4 – 5 kilobázových párov DNA fragmentov v 1 % agarózových géloch. To však závisí od vyrovnávacej pamäte, ktorú používame. Typicky môže xylénkyanol na 6% polyakrylamidovom géli migrovať rýchlosťou približne 140 párov báz DNA fragmentov. Na druhej strane môže migrovať v 20% denaturačnej elektroforéze na polyakrylamidovom géli rýchlosťou 25 báz oligonukleotidu.
Počet donorov vodíkových väzieb xylénkyanolu je 2 m a počet akceptorov vodíkových väzieb je 8. Počet otočných väzieb tejto zlúčeniny možno uviesť ako 7. Zložitosť xylénkyanolu možno opísať ako 1120 stupňov. Má definovaný počet stereocentier väzby 1.
Čo je brómfenolová modrá?
Brómfenolová modrá je užitočný indikátor pH, ktorý je užitočný ako elektroforetický farebný marker a farbivo. Má chemický názov 3', 3", 5', 5"-tetrabrómfenolsulfonftaleín, BPB. Chemický vzorec tejto zlúčeniny je C19H10Br4O5 S. Molárna hmotnosť tejto zlúčeniny je 669,96 g/mol. Je bez zápachu a jeho hustota môže byť 2,2 g/ml. Jeho teplota topenia je 273 stupňov Celzia a teplota varu je 279 stupňov Celzia. Môžeme si ho pripraviť pomalým pridávaním nadbytku brómu do horúceho roztoku fenolsulfonftaleínu v ľadovej kyseline octovej.
Brómfenolová modrá je užitočná ako acidobázický indikátor v rozsahu pH 3,0 až 4,6. Je schopný zmeniť sa zo žltej pri pH 3,0 na pH 4,6. Navyše ide o reverzibilnú reakciu. Štruktúrou je brómfenolová modrá podobná fenolftaleínu.
Okrem toho ho môžeme použiť ako farebný marker na sledovanie procesu elektroforézy na agarózovom géli a elektroforézy na polyakrylamidovom géli. Táto látka môže niesť negatívny náboj pri miernom pH, kde môže migrovať rovnakým smerom ako DNA alebo proteín v géli. Rýchlosť migrácie sa môže meniť podľa hustoty gélu a zloženia pufra. Avšak v typickom 1% agarózovom géli v 1-krát TAE pufri alebo TBE pufri táto látka migruje rovnakou rýchlosťou ako DNA fragment s približne 300 pármi báz.
Aký je rozdiel medzi xylénkyanolom a brómfenolovou modrou?
Xylénkyanol a brómfenolová modrá sú dôležité farebné značky. Kľúčový rozdiel medzi xylénkyanolom a brómfenolovou modrou je v tom, že v 1% agarózovom géli xylénkyanol migruje pomalšie, zatiaľ čo brómfenolová modrá migruje rýchlejšie.
Nižšie je zhrnutie rozdielu medzi xylénkyanolom a brómfenolovou modrou v tabuľkovej forme na porovnanie vedľa seba.
Zhrnutie – Xylénkyanol vs Brómfenolová modrá
Xylénkyanol a brómfenolová modrá sú dôležité ako farebné markery používané pri monitorovaní procesu elektroforézy na agarózovom géli a elektroforézy na polyakrylamidovom géli. Kľúčový rozdiel medzi xylénkyanolom a brómfenolovou modrou je v tom, že v 1% agarózovom géli xylénkyanol migruje pomalšie, zatiaľ čo brómfenolová modrá migruje rýchlejšie.
