Kľúčový rozdiel – Exome vs. Transscriptome
Gén obsahuje kódujúce a nekódujúce oblasti. Kódujúce sekvencie sú známe ako exóny a nekódujúce sekvencie sú známe ako intróny. Nukleotidová sekvencia exónov génu predstavuje genetický kód génu na syntézu špecifického proteínu. Exóny teda zostávajú v molekule mRNA. Celková exónová oblasť genómu je známa ako exóm a je dôležitou súčasťou genómu. Genetický kód génov sa premieňa na genetický kód molekuly mRNA, ktorá je potrebná na tvorbu proteínu. Celé molekuly mRNA transkribované v bunke alebo bunkovej populácii v čase sú známe ako transkriptóm. Kľúčový rozdiel medzi exómom a transkriptómom je v tom, že exóm predstavuje sekvencie oblastí exónu genómu, zatiaľ čo transkriptóm predstavuje celkovú mRNA bunky alebo tkaniva v danom čase.
Čo je Exome?
Gény sa skladajú z exónov, intrónov a regulačných sekvencií. Exóny sú génové oblasti, ktoré sú počas transkripcie transkribované do sekvencie mRNA. Intróny a iné nekódujúce oblasti sú počas transkripcie odstránené. Nukleotidová sekvencia exónov určuje genetický kód génu, ktorý syntetizuje špecifický proteín, ktorý kóduje. V mRNA proteínu zostávajú iba exóny. Súbor exónov v genóme je známy ako exóm organizmu. Predstavuje časť genómu, ktorá je vyjadrená v génoch. U ľudí predstavuje exóm 1 % z genómu. Je to časť ľudského genómu kódujúca proteín.
Obrázok 01: Exome
Čo je transkriptóm?
Transkriptóm je súbor všetkých proteín-kódujúcich a nekódujúcich transkriptov (RNA) v danom tkanive. Transkriptóm predstavuje súbor celkových molekúl mRNA exprimovaných génmi v bunke alebo tkanive. Transkriptóm bunky sa môže meniť s transkriptómom iného typu bunky. Transkriptóm je tiež dynamický – mení sa s časom v reakcii na vnútorné aj vonkajšie podnety. Dokonca aj v rámci rovnakého tkaniva alebo v rámci rovnakého typu bunky sa transkriptóm môže zmeniť po niekoľkých minútach.
Transkriptóm sa líši od exómu organizmu. Transkriptóm zahŕňa iba exprimované exómové sekvencie. Hoci exóm bunky zostáva rovnaký, transkriptóm sa medzi bunkami líši, pretože génová expresia nie je rovnaká pre všetky bunky alebo tkanivá. V rôznych bunkách a tkanivách sú exprimované iba esenciálne gény. Génová expresia je proces špecifický pre tkanivo alebo bunku. Je regulovaný rôznymi faktormi vrátane faktorov prostredia. Preto sa transkriptóm môže meniť v závislosti od vonkajších podmienok prostredia.
Transcriptome sa používa ako prekurzor pre proteomické štúdie. Všetky proteíny sú odvodené zo sekvencií mRNA. Translačné modifikácie môžu viesť k zmenám v proteínoch. Transkriptóm však poskytuje dôležité základné informácie pre proteomické štúdie.
Obrázok 02: Transkriptóm embryonálnych kmeňových buniek
Aký je rozdiel medzi Exome a Transscriptome?
Exome vs Transscriptome |
|
| Exome je súbor oblastí génov kódujúcich proteín. | Transcriptome je zbierka všetkej transkribovanej RNA vrátane mRNA. |
| Vzorka | |
| Exome sa študuje pomocou vzorky DNA. | Transkriptóm sa študuje pomocou vzorky RNA. |
| Štúdijná metóda | |
| Sekvenovanie celého exómu je metóda štúdia exómu. | Sekvenovanie RNA je metóda štúdia transkriptómu. |
Zhrnutie – Exome vs Transscriptome
Exóny sú kódujúce sekvencie génov a určujú mRNA sekvencie proteínov. Súbor týchto kódujúcich sekvencií (exónov) je známy ako exóm organizmu. Pred vytvorením proteínov sa gény prepisujú do molekúl mRNA. Celkové molekuly mRNA bunky alebo tkaniva v akomkoľvek danom čase sú známe ako transkriptóm. Transkriptóm predstavuje gény, ktoré sa aktívne exprimujú do mRNA v akomkoľvek danom čase. Transkriptóm je špecifický pre bunky a tkanivá a ovplyvňuje podmienky prostredia. Toto je rozdiel medzi exómom a transkriptómom.
