Kľúčový rozdiel – Exome vs RNA sekvenovanie
Sekvenovanie nukleových kyselín je technika, ktorá určuje poradie nukleotidov v konkrétnom fragmente DNA alebo RNA organizmu. Sekvenovanie je dôležité pri identifikácii zloženia DNA a RNA bunky a pri rozlišovaní určitých génov, ktoré kódujú funkčné proteíny; teda sekvenovanie možno použiť na pochopenie mutácií týchto génov a génových expresií. Sangerova metóda sekvenovania alebo pokročilejšie metódy sekvenovania novej generácie sú sekvenačné metódy, ktoré sa bežne používajú. Sekvenovanie exómu je sekvenovanie kompletného súboru exónov alebo kódujúcich oblastí DNA prítomných v organizme, zatiaľ čo sekvenovanie RNA je postup sekvenovania ribonukleových kyselín (RNA). Toto je kľúčový rozdiel medzi sekvenovaním exómu a RNA.
Čo je sekvenovanie Exome?
Exome je podskupina genómu, ktorá pozostáva z kódujúcich génov konkrétneho organizmu. Kódujúce gény sú pomenované ako exóny a sú transkribované do mRNA a potom translatované do aminokyselinových sekvencií. Počas posttranskripčných modifikácií mechanizmus zostrihu RNA v eukaryotoch odstraňuje intróny (nekódujúce oblasti) a exóny zostávajú. Existujú dve hlavné techniky, pri ktorých sa vykonáva sekvenovanie exomu: založené na riešení a založené na poli.
Pri sekvenovaní exómu založenom na roztoku sa vzorky DNA fragmentujú pomocou reštrikčných enzýmov alebo mechanickou metódou a denaturujú sa teplom. V tejto technike sa biotinylované oligonukleotidové sondy (návnady) používajú na selektívnu hybridizáciu s cieľovými oblasťami v genóme. Magnetické streptavidínové guľôčky sa používajú na krok viazania. Po väzbe nasleduje premývací krok, v ktorom sa neviazané a necielené sekvencie odmyjú. Naviazané ciele sa potom amplifikujú pomocou polymerázovej reťazovej reakcie (PCR) a potom sa sekvenujú pomocou techník Sangerovho sekvenovania alebo sekvenovania novej generácie.
Obrázok 01: Sekvenovanie Exome
Metóda založená na poli je tiež podobná metóde založenej na riešení s tým rozdielom, že fragmenty DNA sa zachytávajú do mikročipu a potom nasleduje väzba a premývacie kroky pred sekvenovaním.
Sekvenovanie exómu sa používa v mnohých aplikáciách, ako je genetická diagnostika chorôb, v génovej terapii, pri identifikácii nových genetických markerov, v poľnohospodárstve na identifikáciu rôznych prospešných agronomických vlastností a pri postupoch šľachtenia rastlín.
Čo je sekvenovanie RNA?
Sekvenovanie RNA je založené na transkriptóme, čo sú kompletné transkripty bunky. Kľúčovými cieľmi sekvenovania RNA je katalogizovať všetky druhy transkriptu, vrátane mRNA, nekódujúcej RNA a malej RNA, určiť transkripčnú štruktúru génov a kvantifikovať úrovne expresie každého transkriptu počas vývoja. Počas sekvenovania RNA sa na sekvenovanie spočiatku používali hybridizačné technológie (ktoré boli komplementárna DNA odvodená zo zrelých sekvencií mRNA). V súčasnosti sa na sekvenovanie RNA používa presnejšia a pokročilejšia technika.
Obrázok 02: Sekvenovanie RNA
Pri sekvenovaní RNA sa vzorka RNA, ktorou môže byť celková RNA alebo frakcionovaná RNA, konvertuje na svoju komplementárnu DNA (cDNA) pomocou reverznej transkripcie a pripraví sa cDNA knižnica. Každý fragment cDNA je pripojený k adaptérom na oboch stranách (sekvenovanie párových koncov) alebo na jednej strane (sekvenovanie s jedným koncom). Tieto označené sekvencie sú sekvenované pomocou Sangerovho sekvenovania alebo ďalšej generácie, ako je sekvenovanie exómu.
Aké sú podobnosti medzi sekvenovaním Exome a RNA?
- Na sekvenovanie Exome alebo RNA možno použiť krátke vybrané fragmenty alebo celú sadu DNA/RNA.
- Sekvenované fragmenty sú zachované v knižniciach.
- Je možné použiť sekvenovanie Sanger alebo sekvenovanie novej generácie.
- Obe sú sekvenačné metódy in vitro.
- Sekvenované fragmenty možno určiť pomocou fluorescenčných značiek.
Aký je rozdiel medzi sekvenovaním Exome a RNA?
Exome vs RNA sekvenovanie |
|
| Sekvenovanie exómu je sekvenovanie kompletného súboru exónov alebo kódujúcich oblastí DNA prítomných v organizme. | Sekvenovanie RNA sa vzťahuje na postup sekvenovania ribonukleových kyselín (RNA); prepis. |
| Počiatočná vzorka | |
| Genomická DNA je počiatočná vzorka sekvenovania exómu. | RNA je počiatočná vzorka sekvenovania RNA. |
| Zloženie | |
| Toto obsahuje iba kódujúce oblasti celkovej DNA známe ako exóny | Toto obsahuje RNA-mRNA/transkriptóm. |
| Sekvencia | |
| Existujú dve hlavné metódy sekvenovania exómu; technológie založené na riešení a poliach. | Sekvenovanie RNA sa vykonáva prípravou knižnice cDNA extrakciou celkovej RNA alebo fragmentovanej RNA. |
Súhrn – Exome vs RNA sekvenovanie
Exome je kompletný súbor kódujúcich oblastí organizmu a techniky zapojené do určovania presného poradia nukleotidov Exome sú známe ako sekvenovanie exómu. Sekvenovanie RNA je technika zapojená do určovania poradia nukleotidov RNA organizmu. Toto je rozdiel medzi sekvenovaním exómu a RNA.
Stiahnuť PDF verziu Exome vs RNA Sequencing
Verziu tohto článku si môžete stiahnuť vo formáte PDF a použiť ju na offline účely podľa citácie. Stiahnite si PDF verziu tu Rozdiel medzi Exome a RNA sekvenovaním
