Kľúčový rozdiel medzi konzervovanou a konsenzuálnou sekvenciou je v tom, že konzervovaná sekvencia označuje podobné sekvencie nukleových kyselín alebo aminokyselín, ktoré sa vyskytujú v rôznych alebo rovnakých druhoch v priebehu generácií, zatiaľ čo konsenzuálna sekvencia je bežne sa vyskytujúca nukleotidová sekvencia alebo aminokyselinová sekvencia. vo vysoko konzervovanej oblasti DNA alebo RNA alebo proteínu.
Organizmy majú podobné, ako aj odlišné vlastnosti. Pri štúdiu vzťahov medzi organizmami a ich klasifikácii je veľmi dôležitý genóm alebo genetická výbava organizmov. Existujú určité nukleotidové alebo aminokyselinové sekvencie, ktoré sú spoločné pre rôzne organizmy. Konzervovaná sekvencia je sekvencia nukleovej kyseliny alebo aminokyselinová sekvencia, ktorá je konzistentná medzi druhmi. Preto sú fylogeneticky dôležité pri vytváraní fylogenetických stromov. V konzervovaných sekvenciách existujú špecifické nukleotidové sekvencie, ktoré sa vyskytujú častejšie. Sú známe ako konsenzuálne sekvencie.
Čo je konzervovaná sekvencia?
Konzervovaná sekvencia je sekvencia nukleovej kyseliny alebo sekvencia aminokyselín, ktorá je medzi druhmi podobná. Preto je konzistentný naprieč druhmi počas evolúcie. Vo všeobecnosti sú tieto sekvencie udržiavané prirodzeným výberom. Zostávajú nezmenené ďaleko vzadu vo fylogenetickom strome. Preto sú konzervované sekvencie dôležité pri konštrukcii fylogenetických stromov. Predpokladá sa, že vysoko konzervované sekvencie majú často dôležitú funkčnú hodnotu. Sú užitočné aj pri identifikácii genetických chorôb. Avšak konzervované sekvencie môžu byť kódujúce alebo nekódujúce sekvencie nukleovej kyseliny. Okrem toho konzervované sekvencie vykazujú pomalšie rýchlosti mutácií. Preto vykazujú veľmi minimálne zmeny vo svojom zložení; niekedy nevykazujú zmeny počas generácií.
Obrázok 01: Konzervovaná sekvencia
Zložky RNA ribozómov sú prítomné vo všetkých doménach života, sekvencie homeoboxu v eukaryotoch a tmRNA v baktériách sú niekoľkými príkladmi vysoko konzervovaných sekvencií. Identifikácia konzervovaných sekvencií je jednoduchá, keď sa používajú bioinformatické prístupy, najmä nástroj na zoradenie sekvencií. Viacnásobné zarovnanie sekvencií navyše uľahčuje vizualizáciu konzervovaných sekvencií.
Čo je to Consensus Sequence?
Konsenzus sekvencia je sekvencia, ktorá sa bežne nachádza v danej konzervovanej oblasti DNA alebo RNA. Je to veľmi špecifická nukleotidová sekvencia. Napríklad existuje konsenzus sekvencia na -10 ako TATAAT (Pribnow box) v promótoroch E. coli, čo sú vysoko konzervované sekvencie. Podobne existuje ďalšia konsenzus sekvencia: TTGACA v promótoroch E. coli tiež na -35. Konsenzuálne sekvencie sú známe aj ako „boxy“.
Obrázok 02: Konsenzuálna postupnosť
Proteíny majú okrem DNA a RNA aj konsenzuálne sekvencie aminokyselín. Miesta viažuce proteíny sú často reprezentované konsenzuálnymi sekvenciami. Reštrikčné enzýmy majú tiež konsenzuálne sekvencie. Navyše miesta zostrihu sú tiež konsenzuálne sekvencie. Podobne ako konzervované sekvencie, konsenzuálne sekvencie možno vypočítať a vizualizovať pomocou bioinformatických nástrojov.
Aké sú podobnosti medzi konzervovanou a konsenzuálnou sekvenciou?
- Konzervované a konsenzuálne sekvencie sú sekvencie nukleových kyselín alebo aminokyselín, ktoré sú bežné pre všetky druhy.
- Konzervované aj konsenzuálne sekvencie možno vizualizovať pomocou bioinformatických nástrojov.
- Sú široko používané v molekulárnej biológii.
Aký je rozdiel medzi konzervovanou a konsenzuálnou sekvenciou?
Konzervovaná sekvencia je sekvencia nukleovej kyseliny alebo aminokyselinovej sekvencie, ktorá je konzistentná medzi druhmi, zatiaľ čo konsenzuálne sekvencie sú veľmi špecifické a bežne sa vyskytujúce bázy alebo aminokyseliny v danej konzervovanej oblasti. Toto je kľúčový rozdiel medzi konzervovanou a konsenzuálnou sekvenciou. Okrem toho je ďalším rozdielom medzi konzervovanou a konsenzuálnou sekvenciou to, že konzervované sekvencie sú fylogeneticky dôležité, zatiaľ čo konsenzuálne sekvencie sú často miesta viažuce proteíny, miesta zostrihu, miesta rezania reštrikčnými enzýmami atď.
Súhrn – Konzervovaná verzus konsenzuálna sekvencia
Konzervované sekvencie sú sekvencie nukleových kyselín alebo proteínov, ktoré sú podobné medzi živými druhmi. Promótor, väzbové miesto pre ribozóm, počiatok replikácie a aminokyselinová sekvencia histónového proteínu sú niekoľkými príkladmi konzervovaných sekvencií. Na rozdiel od toho, konsenzuálne sekvencie sú špecifické bázy alebo aminokyseliny, ktoré sa častejšie nachádzajú v danej konzervovanej sekvencii. -10 box, -35 box promótora E. coli, miesta viažuce proteíny, miesta zostrihu a miesta rozpoznávajúce reštrikčné enzýmy sú niekoľko príkladov konsenzuálnych sekvencií. Toto je zhrnutie rozdielu medzi konzervovanou a konsenzuálnou sekvenciou.
