Kľúčový rozdiel medzi ITS1 a ITS2 je v tom, že ITS1 je spacer DNA umiestnený medzi 18S a 5.8S rRNA génmi v eukaryotoch, zatiaľ čo ITS2 je spacer DNA lokalizovaný medzi 5.8S a 28S rRNA génmi v eukaryotoch.
Vnútorný transkribovaný spacer (ITS) je spacer DNA, ktorý sa zvyčajne nachádza medzi génmi malej podjednotky ribozomálnej RNA a veľkej podjednotky ribozomálnej RNA v chromozóme alebo v zodpovedajúcej transkribovanej oblasti v molekule prekurzora prekurzora polycistronickej rRNA. V baktériách a archeách existuje iba jeden ITS medzi 16S a 23S rRNA génmi. Ale v eukaryotoch sú dve ITS spacer DNA: ITS1 (medzi 18S a 5.8S rRNA gény) a ITS2 (medzi 5,8S a 28S rRNA). Preto sú ITS1 a ITS2 dve medzerníkové DNA nájdené medzi génmi rRNA v eukaryotoch.
Čo je ITS1?
ITS1 je spacer DNA umiestnený medzi 18S a 5,8S rRNA génmi v eukaryotoch. ITS označuje kúsok nefunkčnej spacer DNA umiestnenej medzi génmi rRNA. ITS1 má väčšiu variáciu dĺžky ako ITS2. Variácia dĺžky ITS1 je približne (200-300 bp). Markery ITS, ako napríklad ITS1, preukázali svoju účinnosť pri objasňovaní fylogenetických vzťahov medzi rôznymi taxónmi. Okrem toho je ITS1 spacer DNA menej konzervovaný ako ITS2 spacer DNA. Štruktúry ITS1 sú zachované len v oveľa menších taxonomických jednotkách. Každý eukaryotický ribozomálny zhluk obsahuje aj oblasti nazývané externé transkribované spacery (5' a 3' ETS).
Obrázok 01: ITS1 región
DNA spacera ITS1 je veľmi blízka 5’externému transkribovanému spaceru (5’ ETS). Okrem toho, ak chce niekto amplifikovať oblasť ITS1 pre štúdie fylogenetických vzťahov, musí na tento účel použiť špecifický pár primérov (reverzné a dopredné priméry). Na amplifikáciu oblasti ITS1 sa v protokoloch PCR v laboratóriách bežne používajú dve sady primérov. Sú to ITS1 dopredu a ITS2 dozadu alebo ITS1 dopredu a ITS4 dozadu.
Čo je ITS2?
ITS2 je spacer DNA nachádzajúci sa medzi 5,8S a 28S rRNA génmi v eukaryotoch. Oblasť ITS2 má kratšiu variáciu dĺžky ako oblasť ITS1. Variácia dĺžky ITS2 je približne (180-240 bp). Región ITS2 je však v mnohých taxonomických jednotkách viac zachovaný ako región ITS1. Identifikuje, že všetky sekvencie ITS2 zdieľajú spoločné jadro sekundárnej štruktúry. Okrem toho je 40 % regiónu ITS2 zachovaných medzi všetkými krytosemennými rastlinami, pričom je možné zosúladiť 50 % regiónu ITS2 v rámci rodiny a vyššej úrovne.
Obrázok 02: ITS2 región
Bez ohľadu na rozsah ochrany je použitie oblasti ITS2 tiež veľmi populárne, ako napríklad oblasť ITS1, vo fylogenetických vzťahových štúdiách, najmä pri fungovaní čiarových kódov DNA. Na amplifikáciu oblasti ITS2 sa v protokoloch PCR laboratórií všeobecne používa špecifický súbor primérov. To je ITS1 dopredu a ITS4 dozadu. Keď však protokol PCR používa túto sadu primérov, amplifikuje tiež oblasť ITS1 spolu s oblasťou ITS2. Okrem toho DNA medzerníka ITS2 je veľmi blízka 3'externému transkribovanému medzerníku (3'ETS).
Podobnosti medzi ITS1 a ITS2
- ITS1 a ITS2 sú dve medzerníkové DNA umiestnené medzi génmi rRNA.
- Nachádzajú sa iba v eukaryotoch.
- Oba môžu byť amplifikované použitím špecifických párov primérov.
- Obe sú vyrezané pri dozrievaní rRNA ako nefunkčné vedľajšie produkty.
- Obaja sú veľmi dôležité pre štúdie fylogenetických vzťahov, najmä pri fungovaní čiarového kódovania DNA.
Rozdiel medzi ITS1 a ITS2
ITS1 je spacer DNA prítomný medzi 18S a 5,8S rRNA génmi v eukaryotoch, zatiaľ čo ITS2 je spacer DNA umiestnený medzi 5,8S a 28S rRNA génmi v eukaryotoch. Toto je kľúčový rozdiel medzi ITS1 a ITS2. Okrem toho má ITS1 väčšiu variabilitu dĺžky v porovnaní s ITS2. Na druhej strane má ITS2 kratšiu variáciu dĺžky v porovnaní s ITS1. Toto je ďalší rozdiel medzi ITS1 a ITS2.
Nasledujúca infografika uvádza rozdiely medzi ITS1 a ITS2 v tabuľkovej forme na porovnanie vedľa seba.
Zhrnutie – ITS1 vs ITS2
Vnútorná transkribovaná oblasť (ITS) je nefunkčná časť spacer DNA umiestnená medzi génmi rRNA. V baktériách a archeách existuje iba jedna oblasť ITS. Ale v eukaryotoch existujú dve oblasti ITS: ITS1 a ITS2. ITS1 je spacer DNA, ktorý sa nachádza medzi 18S a 5,8S rRNA génmi v eukaryotoch, zatiaľ čo ITS2 je spacer DNA, ktorý sa nachádza medzi 5,8S a 28S rRNA génmi v eukaryotoch. Toto je zhrnutie rozdielu medzi ITS1 a ITS2.
