Kľúčový rozdiel medzi QTL a GWAS závisí od typu sekvencií použitých v analýze. QTL používa väzbové génové lokusy na analýzu fenotypových znakov spojených s polygénnou dedičnosťou, zatiaľ čo GWAS používa celé genómové sekvencie na analýzu jednonukleotidových polymorfizmov konkrétneho stavu.
QTL mapy a GWAS hrajú dôležitú úlohu v genetických analýzach rôznych vlastností. Okrem toho sú dôležité pri analýze rôznych chorobných stavov s neznámou etiológiou. Okrem toho hrá kľúčovú úlohu v oboch technikách sekvenovanie. Tieto techniky môžu byť ďalej spojené s inými vysokovýkonnými technikami pre zvýšenú presnosť a presnosť.
Čo je QTL?
QTL znamená Quantitative Trait Locus. Je to oblasť DNA spojená s fenotypovým znakom. Vo všeobecnosti QTL vyvoláva polygénne účinky. Distribúcia QTL sa mení a počet QTL naznačuje stupeň variácie konkrétneho fenotypového znaku. Okrem toho zvyčajne kódujú základné kontinuálne črty a nie samostatné črty.
Po identifikácii oblastí QTL je dôležité sekvenovať konkrétnu oblasť QTL. Okrem toho, aby sa uľahčilo vyšetrovanie a výskum, sekvenovanie a ukladanie sekvenčných údajov bežných oblastí QTL prebieha za účasti bioinformatiky. Túto techniku nazývame QTL mapovanie. Následne sa vytvorí databáza so sekvenciami oblasti QTL.
Obrázok 01: QTL Scan
Aplikácie QTL sekvencií sa navyše spoliehajú hlavne na nástroj BLAST, kde je možné určiť podobnosť sekvencií. Je dôležitý pri vyvodzovaní vzťahov medzi organizmami. Okrem toho je dôležitý pri určovaní zložitosti konkrétneho polygénneho fenotypu. Určuje tiež vývoj konkrétnej vlastnosti.
V súčasnosti je QTL analýza kombinovaná s inými vysoko výkonnými technikami, ako sú DNA microarrays. To je dôležité pri expresnej analýze fenotypu. V súčasnosti sa vedci veľmi zaujímajú o vývoj databázy QTL, pretože oblasti QTL sú zodpovedné za mnohé dôležité črty rôznych druhov.
Čo je GWAS?
GWAS znamená Genome Wide Association Study. Vzťahuje sa to aj na štúdie asociácie celého genómu. Tieto štúdie sa zameriavajú najmä na pozorovacie štúdie. Analyzuje genetické varianty rôznych jedincov, ktoré sú zvyčajne spojené so špecifickým znakom. Okrem toho je pre analýzu GWAS dôležitý celý genóm.
Obrázok 02: GWAS
GWAS je dôležitým nástrojom pri analýze jednonukleotidových polymorfizmov spojených s rôznymi chorobnými stavmi. Toto je tiež porovnávacia štúdia rôznych jednonukleotidových polymorfizmov v širokej populácii. Študijná vzorka GWAS je navyše veľmi vysoká; preto má aj formát prierezovej kohortovej štúdie.
Okrem toho sa uskutočnila prvá štúdia GWAS týkajúca sa infarktu myokardu a analýzy génov spojených s infarktom myokardu. V súčasnosti hrá GWAS dôležitú úlohu pri určovaní genetického pozadia komplexných chorôb s neznámou etiológiou.
Aké sú podobnosti medzi QTL a GWAS?
- Pri analýze sa spoliehajú na údaje o sekvenciách DNA.
- Obaja súvisia s genetickým pozadím rôznych postáv.
- Okrem toho vyžadujú bioinformatické nástroje na odvodenie a interpretáciu výsledkov.
- Vykonávajú sa na veľkých populáciách.
Aký je rozdiel medzi QTL a GWAS?
QTL analyzuje fenotypové znaky spojené s polygénnou dedičnosťou pomocou spojených génových lokusov, zatiaľ čo GWAS analyzuje jednonukleotidové polymorfizmy konkrétneho stavu pomocou sekvencií celého genómu. Toto je kľúčový rozdiel medzi QTL a GWAS. Mapovanie QTL je pomerne menej komplexná technika ako GWAS, pretože vyžaduje sekvenovanie celého genómu.
Nasledujúca infografika sumarizuje rozdiel medzi QTL a GWAS vo forme tabuľky.
Zhrnutie – QTL vs GWAS
Mapovanie QTL a GWAS hrajú hlavnú úlohu pri určovaní genetického pozadia rôznych fenotypových znakov. Pomáhajú tiež pri analýze genetického pozadia rôznych chorôb. Mapovanie QTL mapuje väzbové gény zodpovedné za kontinuálne znaky a zahŕňa aj mapovanie génov polygénnej dedičnosti. Na druhej strane GWAS prebieha s analýzou celého genómu na jednonukleotidové polymorfizmy. Navyše sa to deje v rámci väčšej populácie. Toto je zhrnutie rozdielu medzi QTL a GWAS.
