Kľúčový rozdiel medzi kandidátskym génom a GWAS je v tom, že prístup kandidátskeho génu skúma genetickú variáciu v rámci malého počtu vopred špecifikovaných záujmových génov, zatiaľ čo GWAS skúma celý genóm na spoločnú genetickú variáciu za konkrétnym chorobným stavom.
Kandidátsky génový prístup a celogenómové asociačné štúdie (GWAS) sú dve metódy, ktoré sú dôležité na zistenie genetickej náchylnosti na choroby. Kandidátsky génový prístup je založený na vopred špecifikovanom malom počte génov, zatiaľ čo GWAS je založený na testovaní celého genómu. Na rozdiel od GWAS si teda prístup kandidátskych génov vyžaduje predchádzajúce znalosti o génoch relevantných pre ochorenie.
Čo je to kandidátsky gén?
Kandidátsky génový prístup je jednou z techník, ktoré skúmajú súvislosť medzi genetickými variáciami v rámci vopred špecifikovaných záujmových génov a fenotypmi alebo chorobnými stavmi. Pri tomto prístupe je potrebné vopred poznať biologický funkčný vplyv génu na danú vlastnosť alebo chorobu. Na základe týchto poznatkov sa vyberie a analyzuje malý počet génov na genetickú variáciu.
Obrázok 01: Kandidátsky génový prístup
Výber génov sa uskutočňuje na základe biologickej, fyziologickej a funkčnej relevantnosti pre príslušné ochorenie v tomto prístupe. Tento prístup je často navrhnutý ako štúdia prípadovej kontroly.
Čo je GWAS?
GWAS znamená Genome-Wide Association Study. Vzťahuje sa tiež na celogenómové asociačné štúdie. Tieto štúdie sa zameriavajú najmä na pozorovacie štúdie. Analyzujú genetické varianty rôznych jedincov, ktoré sú zvyčajne spojené so špecifickým znakom. Pre analýzu GWAS je dôležitý celý genóm.
GWAS je dôležitým nástrojom pri analýze jednonukleotidových polymorfizmov spojených s rôznymi chorobnými stavmi. Je to porovnávacia štúdia rôznych jednonukleotidových polymorfizmov v širokej populácii. Študijná vzorka GWAS je veľmi vysoká; preto má aj formát prierezovej kohortovej štúdie.
Obrázok 02: GWAS
Prvá štúdia GWAS sa uskutočnila v súvislosti s infarktom myokardu a analýzou génov spojených s infarktom myokardu. V súčasnosti hrá GWAS dôležitú úlohu pri určovaní genetického pozadia komplexných chorôb s neznámou etiológiou.
Aké sú podobnosti medzi kandidátskym génom a GWAS?
- Kandidátsky génový prístup aj GWAS sú techniky, ktoré analyzujú genetickú asociáciu medzi genotypom a fenotypom ochorenia.
- Oba prístupy pomáhajú pochopiť genetický základ náchylnosti na choroby.
Aký je rozdiel medzi kandidátskym génom a GWAS?
Kandidátny génový prístup je založený na kandidátskych génoch alebo vopred špecifikovaných génoch, zatiaľ čo GWAS je založený na celom genóme. Toto je kľúčový rozdiel medzi kandidátskym génom a GWAS. V prístupe kandidátskych génov je tiež potrebný výber génov, zatiaľ čo v GWAS nie je potrebný.
Kandidátny génový prístup si navyše vyžaduje predchádzajúce znalosti o génoch relevantných pre ochorenie, zatiaľ čo pre GWAS to nie je potrebné.
Informačná grafika nižšie poskytuje podrobnejšie porovnanie súvisiace s rozdielom medzi kandidátskym génom a GWAS.
Zhrnutie – Kandidátsky gén vs GWAS
Kandidátsky gén a GWAS sú dve štúdie o asociácii génov. Prístup kandidátskych génov sa zameriava na genetickú variáciu spojenú s ochorením v rámci malého počtu vopred špecifikovaných génov. Na rozdiel od toho GWAS skúma genetické variácie spojené s ochorením v rámci celého genómu. Toto je kľúčový rozdiel medzi kandidátskym génom a GWAS. Obe metódy sú dôležité pre pochopenie genetického základu náchylnosti na choroby.
