Kľúčový rozdiel medzi BLAST a FastA je v tom, že BLAST je základný nástroj na zoradenie dostupný na webovej stránke Národného centra pre biotechnologické informácie, zatiaľ čo FastA je nástroj na vyhľadávanie podobností dostupný na webovej stránke Európskeho bioinformatického inštitútu.
BLAST a FastA sú dva softvéry, ktoré sa široko používajú na porovnávanie biologických sekvencií DNA, aminokyselín, proteínov a nukleotidov rôznych druhov a hľadanie ich podobností. Tieto algoritmy boli napísané s ohľadom na rýchlosť. Pretože, keď sa vedcom v polovici osemdesiatych rokov podarilo v laboratóriu izolovať DNA, vyvolalo to potrebu porovnať a nájsť identické gény pre ďalší výskum vysokou rýchlosťou. Preto boli tieto dva softvéry vyvinuté tak, aby používateľ mohol rýchlo vyhľadávať sekvencie podobné sekvenciám dopytov.
BLAST je skratka pre Basic Local Alignment Search Tool a používa lokalizovaný prístup pri porovnávaní týchto dvoch sekvencií. FastA je softvér odkazujúci na Fast A, kde A znamená všetko. Tu softvér pracuje s abecedami ako Fast A pre sekvenovanie DNA a Fast P pre proteín. BLAST aj FastA sú veľmi rýchle pri porovnávaní akejkoľvek databázy genómu, a preto sú veľmi životaschopné z finančného hľadiska aj z hľadiska úspory času.
Čo je BLAST?
BLAST je jeden z najpoužívanejších bioinformatických softvérov, ktorý bol vyvinutý v roku 1990. Odvtedy je dostupný každému na stránke NCBI. Okrem toho má k tomuto softvéru prístup a môže ho používať každá osoba. Navyše BLAST je softvér, ktorý potrebuje vstupné dáta alebo sekvencie vo formáte FastA. Výstupné údaje však poskytuje vo formáte obyčajného textu, HTML alebo XML. BLAST funguje na princípe hľadania lokalizovaných podobností medzi dvoma sekvenciami a krátkym zoznamom podobných sekvencií a následne vyhľadávaním susedských podobností.
Obrázok 01: Výsledky BLAST
Tento softvér teda vyhľadáva veľký počet podobných miestnych regiónov a poskytuje výsledok pri dosiahnutí prahovej hodnoty. Tento proces sa však líši od predchádzajúceho softvéru, ktorý najprv prehľadá celú sekvenciu a potom vykoná porovnanie, a preto zabral veľa času.
Okrem vyššie uvedenej kontroly podobnosti má BLAST mnoho ďalších využití, ako je mapovanie DNA, porovnávanie dvoch identických génov u rôznych druhov, vytváranie fylogenetického stromu atď.
Čo je FastA?
FastA je softvér na zarovnanie proteínových sekvencií. David J. Lipman a William R. Pearson opísali tento softvér v roku 1985. Hoci počiatočné použitie tohto softvéru bolo len na porovnávanie proteínových sekvencií, jeho modifikovaná verzia bola schopná porovnávať aj DNA sekvencie. Tu tento softvér využíva princíp štatistického hľadania podobnosti medzi dvoma sekvenciami. Zhoduje jednu sekvenciu DNA alebo proteínu s inou sekvenciou metódou lokálneho zarovnania sekvencií.
Obrázok 02: FastA
Hľadá však miestne oblasti na podobnosť, ale nie najlepšiu zhodu medzi dvoma sekvenciami. Keďže tento softvér občas porovnáva lokalizované podobnosti, môže prísť aj s nezhodami. V sekvencii má FastA malú časť známu ako k-tice, kde n-tice môžu byť od 1 do 6 a zhodujú sa s k-ticemi inej sekvencie. Na konci procesu párovania, keď dosiahne prahovú hodnotu, vytvorí výsledok.
Aké sú podobnosti medzi BLAST a FastA?
- BLAST a FastA sú bioinformatické nástroje používané na porovnávanie podobností proteínových a DNA sekvencií.
- Tiež oba programy používajú na porovnávanie sekvencií bodovaciu stratégiu.
- Okrem toho oba nástroje poskytujú vysoko presné výsledky.
Aký je rozdiel medzi BLAST a FastA?
BLAST je nástroj na kontrolu podobnosti medzi biologickými sekvenciami. Na druhej strane FastA je ďalší program, ktorý uľahčuje kontrolu podobnosti proteínových a DNA sekvencií. V porovnaní s FastA je však softvér BLAST veľmi populárny, pretože poskytuje presnejšie a rýchlejšie výsledky. Toto je teda rozdiel medzi BLAST a FastA. Navyše, na rozdiel od FastA, je program BLAST modifikovateľný podľa potreby užívateľa. Preto je to ďalší rozdiel medzi BLAST a FastA.
Informácia nižšie o rozdieloch medzi BLAST a FastA poskytuje ďalšie podrobnosti.
Zhrnutie – BLAST vs FastA
BLAST a FastA sú dva programy, ktoré umožňujú používateľovi porovnať svoju sekvenciu dotazov so sekvenciami v existujúcich databázach a skontrolovať podobnosti. Pôvodným účelom FastA bolo porovnávať iba proteínové sekvencie. Upravená verzia tohto softvéru však uľahčuje porovnávanie sekvencií proteínov a DNA. Hoci je FastA dobrý softvér, väčšina ľudí používa nástroj na zarovnanie BLAST, pretože je obľúbenejší a poskytuje presnejšie a rýchlejšie výsledky ako FastA. Nástroj BLAST je tiež modifikovateľný podľa požiadaviek užívateľa. Stručne povedané, toto sumarizuje rozdiel medzi BLAST a FastA.
