Kľúčový rozdiel medzi konsenzus PCR a pan PCR je v tom, že konsenzuálna PCR sa vždy zameriava na konzervované oblasti, zatiaľ čo Pan PCR sa zameriava na variabilné oblasti na identifikáciu rôznych kmeňov skupiny
Polymerázová reťazová reakcia (PCR) je technika amplifikácie génu, ktorá pozostáva z troch hlavných krokov, akými sú denaturácia, žíhanie a predlžovanie. Toto je široko používané v diagnostike a molekulárnej identifikácii. Techniky Consensus PCR a Pan PCR sú založené na cieľových priméroch, ktoré používa každý typ PCR.
Čo je Consensus PCR?
Consensus PCR je technika PCR, ktorá sa zameriava na konzervovanú oblasť pre konkrétny druh alebo rod. Preto sa na amplifikáciu vyberajú vysoko konzervované oblasti. Prostredníctvom tejto metódy možno organizmy identifikovať a rozlíšiť na základe ich konsenzu. Táto metóda identifikuje konzervovanú oblasť pre konkrétny druh. Napríklad oblasť 16s rRNA baktérií zostáva medzi baktériami konzervovanou oblasťou. Preto je na amplifikáciu potrebný iba jeden súbor primérov. Vo väčšine prípadov možno pre konzervovanú oblasť použiť špecifický univerzálny primér.
Obrázok 01: Technika PCR
Nasledovaním metódy konsenzuálnej PCR možno odvodiť druhovú charakterizáciu a evolučné vzťahy. Na základe účinnosti amplifikácie konkrétneho vzorkového organizmu možno tiež odvodiť konsenzus organizmu voči skupine. Ďalej je pri fylogenetických štúdiách životne dôležité vykonávanie konsenzuálnej PCR. Umožňuje identifikáciu druhu a interpretuje odchýlku, ktorú konkrétny organizmus vykazuje z hľadiska spoločného predka.
Čo je Pan PCR?
Pan PCR je multiplexný režim PCR. Pri tejto technike sa rôzne kmene amplifikujú pomocou rôznych cieľových primérov. Ciele však môžu byť spoločnými cieľmi pre skupiny kmeňov. V Pan PCR je teda možné použiť viac ako dve sady primérov naraz. Môže prebiehať v jednoskúmavkovej reakčnej metóde alebo ako viacskúmavková reakčná metóda. Pan PCR je časovo náročnejšia a zložitejšia v porovnaní s konsenzuálnou PCR. Z tohto dôvodu môže byť interpretácia výsledkov PCR pri Pan PCR tiež zložitejšia.
Hlavná aplikácia Pan PCR je v molekulárnej diagnostike. Umožňuje rozlišovať medzi rôznymi kmeňmi druhu pomocou cieľovej amplifikácie. Pan PCR je ideálna technika na identifikáciu rôznych kmeňov jedného druhu spôsobujúcich ochorenie. Vo väčšine prípadov je automatizácia techník Pan PCR pre rôzne zdravotné stavy veľmi dôležitá a je to spoľahlivá a vysoko účinná technika.
Aké sú podobnosti medzi Consensus PCR a Pan PCR?
- Consensus PCR a Pan PCR sú dva typy techník PCR.
- Oba postupy sa riadia všeobecným trojkrokovým postupom – denaturácia, žíhanie a predlžovanie.
- Používajú priméry, ktoré sú špecifické pre cieľ.
- Obe reakcie prebiehajú v tepelnom cyklovači.
- Tieto reakcie možno automatizovať.
- Obidve môžu byť použité v molekulárnej diagnostike a identifikácii; presnosť sa však líši.
- Tieto postupy vyžadujú overenie.
Aký je rozdiel medzi Consensus PCR a Pan PCR?
Consensus aj Pan PCR sa riadia rovnakým rutinným postupom. Kľúčový rozdiel medzi konsenzuálnou PCR a Pan PCR je však založený na cieľových priméroch, ktoré používa každý postup. Zatiaľ čo konsenzuálna PCR sa vždy zameriava na konzervované oblasti, Pan PCR sa zameriava na variabilné oblasti na identifikáciu rôznych kmeňov skupiny. V dôsledku tohto rozdielu sa líšia protokoly navrhovania primérov, počet použitých sád primérov a špecifické aplikácie.
Nasledujúca infografika sumarizuje rozdiel medzi Consensus PCR a Pan PCR.
Súhrn – Consensus PCR vs Pan PCR
PCR, predstavený spoločnosťou Mulli, hrá dôležitú revolučnú úlohu v aplikáciách molekulárnej biológie. Consensus a Pan PCR sú dva typy PCR založené na ich cieľových oblastiach primeru. Zatiaľ čo konsenzus PCR sa zameriava na konzervované oblasti, Pan PCR sa zameriava na variabilné oblasti a hrá dôležitú úlohu pri identifikácii kmeňa. Kvôli tomuto základnému rozdielu medzi konsenzus PCR a Pan PCR sa špecifické funkcie každého typu PCR tiež líšia od fylogenetickej analýzy cez molekulárnu charakterizáciu až po molekulárnu diagnostiku.
