Kľúčový rozdiel medzi DNA a RNA sondami je v tom, že DNA sondy sú fragmenty DNA, ktoré sú komplementárne k cieľovým nukleotidovým sekvenciám, zatiaľ čo RNA sondy sú úseky jednovláknovej RNA, ktoré sú komplementárnymi sekvenciami nukleových kyselín cieľových sekvencií.
Sonda je umelo syntetizovaná krátka sekvencia DNA alebo RNA, ktorá môže byť označená rádioaktívne alebo nerádioaktívnymi molekulami. Môže mať dĺžku 100 až 1000 báz. Sondy sú užitočné pri detekcii cieľových nukleotidových sekvencií, ktoré sú komplementárne k sekvencii sondy. Po pridaní sa sondy hybridizujú s komplementárnymi sekvenciami alebo cieľovými sekvenciami a zviditeľnia sa na identifikáciu cieľových sekvencií, pretože nesú rádioaktivitu. Sondy sú dôležitými molekulárnymi nástrojmi v mnohých mikrobiálnych a molekulárnych oblastiach, ako je detekcia genetických chorôb, vo virológii, vo forenznej patológii, pri testovaní otcovstva, pri DNA fingerprintingu, RFLP, molekulárnej cytogenetike, in situ hybridizácii atď.
Čo sú sondy DNA?
Sondy DNA sú jednovláknové úseky DNA. Môžu sa použiť na detekciu prítomnosti komplementárnych sekvencií nukleových kyselín (cieľových sekvencií) hybridizáciou. Akonáhle DNA sonda hybridizuje so svojou komplementárnou sekvenciou, vytvorí dvojvláknový hybrid. Na ich detekciu sú DNA sondy všeobecne označené rádioizotopmi, biotínom, epitopmi alebo fluorofórmi. DNA sondy značené biotínom možno detegovať streptavidínom značenou alkalickou fosfatázou množstvom enzymatických a chemických metód.
Obrázok 01: DNA sonda
Sekvencia nukleotidov DNA sondy je známa. Sú to krátke sekvencie s dĺžkou 100 až 1000 párov báz. Dlhé DNA sondy môžu byť generované technológiou rekombinantnej DNA. Môžu byť tiež generované PCR a klonovaním. V laboratóriách klinickej mikrobiológie sú DNA sondy ľahko dostupné na rýchlu diagnostiku infekčných chorôb.
Čo sú sondy RNA?
Sondy RNA sú jednovláknové úseky RNA. Sú to komplementárne sekvencie k cieľovým sekvenciám vo vzorke. Bežne sa syntetizujú s RNA polymerázami z bakteriofágov SP6, T7 alebo T3 in vitro transkripciou DNA. Dlhé RNA sondy môžu byť generované in vitro transkripciou z linearizovanej plazmidovej DNA. Vo všeobecnosti sa RNA sondy viažu silnejšie a pevnejšie na svoje komplementárne sekvencie ako DNA sondy. Podobne ako DNA sondy, aj RNA sondy môžu byť značené počas ich transkripcie.
Aké sú podobnosti medzi sondami DNA a RNA?
- Sondy DNA aj RNA sú jednovláknové nukleotidové sekvencie.
- Obe sú umelo navrhnuté a syntetizované.
- Navyše môžu byť označené rádioizotopmi, epitopmi, biotínom alebo fluorofórmi.
- Majú silnú afinitu k špecifickej cieľovej sekvencii DNA alebo RNA.
- Používajú sa v rôznych blotovacích a in situ hybridizačných technikách na detekciu cieľových sekvencií nukleových kyselín.
- Oba typy sond môžu byť hybridizované s ich komplementárnymi sekvenciami.
- Používajú sa aj pri identifikácii mikroorganizmov a diagnostike infekčných, dedičných a iných chorôb.
Aký je rozdiel medzi DNA a RNA sondami?
Sonda DNA je krátky úsek DNA, ktorý je komplementárny k cieľovej sekvencii. Na druhej strane, RNA sonda je krátky jednovláknový úsek RNA komplementárny k cieľovej sekvencii. Toto je kľúčový rozdiel medzi sondami DNA a RNA. Okrem toho DNA sondy obsahujú A, T, C a G, zatiaľ čo sondy RNA obsahujú A, U, C a G.
Ďalším rozdielom medzi DNA a RNA sondami je ich termodynamická stabilita. RNA sondy vykazujú väčšiu termodynamickú stabilitu v porovnaní so sondami DNA.
Infografika nižšie uvádza dôležité rozdiely medzi sondami DNA a RNA.
Zhrnutie – DNA vs RNA sondy
Sonda je malý fragment DNA alebo RNA používaný na detekciu prítomnosti špecifickej sekvencie vo vzorke DNA alebo RNA molekulárnou hybridizáciou. DNA sondy sú krátke jednovláknové DNA fragmenty, zatiaľ čo RNA sondy sú krátke jednovláknové RNA sekvencie. Sú to známe sekvencie. Termodynamická stabilita je väčšia v RNA sondách ako v DNA sondách. RNA sondy sa viažu pevne na svoje komplementárne sekvencie ako DNA sondy. Toto sumarizuje rozdiel medzi DNA a RNA sondami.
