Kľúčový rozdiel medzi CDS a ORF je v tom, že CDS je skutočná nukleotidová sekvencia génu, ktorá sa prekladá na proteín, zatiaľ čo ORF je úsek sekvencie DNA, ktorý začína miestom iniciácie translácie (štart kodónom) a končí miesto ukončenia prekladu (stop kodón).
Gén má kódujúcu sekvenciu (CDS). Pozostáva z celkových exónov génu a štartovacieho kodónu a stop kodónu. Je to skutočná časť génu, ktorá prekladá a produkuje proteín. Otvorený čítací rámec alebo ORF je nukleotidová sekvencia umiestnená medzi štartovacím kodónom a stop kodónom. Vo vnútri ORF nie je žiadny stop kodón, ktorý prerušuje genetický kód, ktorý sa premieňa na proteín. U prokaryotov sú CDS a ORF génu rovnaké.
Čo je CDS?
CDS alebo kódujúca sekvencia je časť génu, ktorá sa v skutočnosti premieňa na proteín. Pozostáva z exónov a dvoch kodónov známych ako AUG kodón a stop kodón. CDS neobsahuje dve nepreložené oblasti: 5' UTR a 3“UTR. Navyše, intróny nie sú zahrnuté v CDS.
Obrázok 01: Postupnosť kódovania
V porovnaní s celým genómom jednotlivca sú kódujúce sekvencie malou časťou. Kódujúca sekvencia pozostáva z nevyhnutnej nukleotidovej sekvencie na vytvorenie aminokyselinovej sekvencie proteínu. Preto sú CDS koncentrované exóny, ktoré možno rozdeliť na nukleotidové triplety alebo kodóny. Z kodónov vznikajú aminokyseliny.
Čo je ORF?
Otvorený čítací rámec alebo ORF je súvislý úsek nukleotidovej sekvencie, ktorý začína štartovacím kodónom a končí stop kodónom. Jednoducho povedané, ORF označuje oblasť nukleotidovej sekvencie umiestnenú medzi štartovacím a stop kodónom. Medzi tým nie je žiadny stop kodón prerušujúci ORF. Nukleotidová sekvencia medzi štartovacím a stop kodónom kóduje aminokyseliny. Vo všeobecnosti je štartovacím kodónom ATG, zatiaľ čo stop kodónom sú TAG, TAA a TGA. ORF poskytuje funkčný proteín, keď je transkribovaný a translatovaný. ORF teda zahŕňa štartovací kodón, niekoľko kodónov v strednej oblasti a stop kodón. Zaujímavé je, že ORF má dĺžku, ktorú možno deliť tromi.
Obrázok 02: Otvorený rámec na čítanie
Keďže v prokaryotoch neexistujú žiadne intróny, ORF je kódujúca sekvencia génu, ktorý sa prepisuje priamo do mRNA. Preto sú CDS a PRF u prokaryotov rovnaké. Pri hľadaní génov v prokaryotoch je ľahké odhaliť ORF a nájsť gén v prokaryotoch. V eukaryotoch, keďže existujú intróny, je ORF kodónová sekvencia, ktorá sa tvorí po spracovaní alebo zostrihu RNA. ORF je dôkazom, ktorý pomáha pri predikcii génov, pokiaľ je ORF pravdepodobne súčasťou génu.
Aké sú podobnosti medzi CDS a ORF?
- U prokaryotov sú CDS a ORF rovnaké.
- Oba majú štartovací kodón aj koncový kodón.
- Majú niekoľko nukleotidov, ktoré možno rozdeliť tromi.
- Po preklade vytvárajú sekvencie aminokyselín.
Aký je rozdiel medzi CDS a ORF?
CDS je skutočná časť génu, ktorá sa premieňa na proteín, zatiaľ čo ORF je úsek DNA medzi štartovacím kodónom a stop kodónom. Toto je kľúčový rozdiel medzi CDS a ORF. Okrem toho CDS neobsahuje intróny, ale ORF môže obsahovať intróny. CDS sa plne prepisuje do kompletnej sekvencie mRNA, zatiaľ čo ORF môže byť súčasťou sekvencie mRNA. Toto je ďalší rozdiel medzi CDS a ORF.
Pod infografikou sú vedľa seba uvedené rozdiely medzi CDS a ORF.
Zhrnutie – CDS vs ORF
CDS a ORF sú dve dôležité časti génu. CDS označuje skutočnú oblasť DNA, ktorá sa premieňa na proteín. ORF je sekvencia DNA, ktorá začína štartovacím kodónom „ATG“a končí ktorýmkoľvek z troch terminačných kodónov (TAA, TAG alebo TGA). ORF môže byť súčasťou kompletnej mRNA génu. Avšak kódujúca sekvencia génu sa prepisuje do kompletnej sekvencie mRNA. Všetky CDS sú ORF. Ale nie všetky ORF sú CDS. Toto sumarizuje rozdiel medzi CDS a ORF.
