Kľúčový rozdiel medzi NGS a WGS je v tom, že sekvenovanie novej generácie (NGS) je masívne paralelná technológia sekvenovania druhej generácie, ktorá má vysokú priepustnosť, nízku cenu a rýchlosť, zatiaľ čo sekvenovanie celého genómu (WGS) je komplexná metóda analýzy celej genómovej DNA bunky naraz pomocou sekvenčných techník, ako je Sangerovo sekvenovanie, brokový prístup alebo vysokovýkonné NGS sekvenovanie.
V posledných desaťročiach sa pochopenie genómu ľudí a iných zvierat výrazne zvýšilo vďaka objavu techník rýchleho sekvenovania a bioinformatických nástrojov. Konvenčné sekvenčné techniky, ako je Sangerovo sekvenovanie, mali svoje obmedzenia, ktoré si vyžadovali vývoj nových rýchlych sekvenčných metód, ako je sekvenovanie novej generácie (NGS) a sekvenovanie nanopórov. Technika sekvenovania celého genómu (WGS) je nedávny prístup, ktorý sa už používa v mnohých projektoch genómového výskumu, ako napríklad 100 000 genómový projekt od Genomic England, UK. NGS a WGS sú teda dve metódy sekvenovania, ktoré sú v súčasnosti súčasťou mnohých genomických projektov.
Čo je NGS?
NGS (next-generation sequencing) je masívne paralelná sekvenčná technológia druhej generácie, ktorá má vysokú priepustnosť, nízke náklady a rýchlosť. Neexistuje presná definícia sekvenovania novej generácie. Môžeme ho však jasne odlíšiť od konvenčných techník sekvenovania na báze kapilár. Sekvenovanie novej generácie umožňuje sekvenovanie molekuly DNA s celkovou veľkosťou väčšou ako 1 milión párov báz v jednom experimente. Ponúka bezprecedentnú rýchlosť a možnosti vysokej priepustnosti, napríklad umožňuje sekvenovanie DNA viacerých jedincov súčasne. To sa dosiahne miniaturizáciou objemu jednotlivých sekvenčných reakcií. Okrem toho to tiež obmedzuje veľkosť prístrojov a minimalizuje náklady na činidlá na reakciu.
Obrázok 01: Platformy NGS
NGS je metóda sekvenovania krátkeho čítania, ktorá už spôsobila revolúciu v oblasti biologického výskumu. Okrem toho sa NGS používa v rôznych oblastiach, ako je de novo sekvenovanie genómu, sekvenovanie celého genómu, analýza transkriptómu, sekvenovanie malých RNA a mikro RNA, cielené resekvenovanie a sekvenovanie celého exómu.
Čo je WGS?
WGS (celogenómové sekvenovanie) je komplexná metóda analýzy celej genómovej DNA bunky naraz pomocou sekvenčných techník, ako je Sangerovo sekvenovanie, brokovnicový prístup alebo vysokovýkonné NGS sekvenovanie. Je tiež známy ako úplné sekvenovanie genómu alebo úplné sekvenovanie genómu. Sekvenovanie celého genómu znamená sekvenovanie celej chromozomálnej DNA organizmu, ako aj DNA v mitochondriách a v prípade rastlín DNA v chloroplastoch naraz. WGS umožňuje vedcom prečítať presnú sekvenciu všetkých písmen, ktoré tvoria kompletnú sadu DNA. Očakáva sa, že WGS využívajúca platformu NGS spôsobí revolúciu v klinickom nastavení.
Obrázok 02: WGS vs hierarchické poradie brokovníc
Sekvenovanie celého genómu bolo zavedené do klinickej starostlivosti v roku 2014. Okrem toho aplikácia WGS zahŕňa sekvenovanie génov na úrovni SNP na určenie funkčných variantov v asociačných štúdiách, terapeutickú intervenciu v personalizovanej medicíne, evolučnú biológiu, komparatívnu genómovú analýzu, štúdie mutácií a preskupení, štúdie asociácie zriedkavých variantov a predpovedanie náchylnosti na ochorenie a odpovede na liek.
Aké sú podobnosti medzi NGS a WGS?
- NGS a WGS sú dve sekvenčné techniky.
- Obe techniky buď sekvenujú DNA alebo RNA.
- Tieto techniky sú nové a spoľahlivé.
- Obe sa používajú pri diagnostike chorôb a objavovaní liekov.
Aký je rozdiel medzi NGS a WGS?
NGS je masívne paralelná sekvenačná technológia druhej generácie, ktorá je vysoko výkonná, lacná a rýchla, zatiaľ čo WGS je komplexná metóda analýzy celej genómovej DNA bunky naraz pomocou sekvenčných techník, ako je napr. ako Sangerovo sekvenovanie, brokový prístup alebo vysokovýkonné NGS sekvenovanie. Toto je kľúčový rozdiel medzi NGS a WGS. Okrem toho NGS pozostáva iba z metód sekvenovania druhej generácie, zatiaľ čo WGS pozostáva z metód sekvenovania prvej, druhej a tretej generácie.
Nasledujúca tabuľka predstavuje rozdiely medzi a NGS a WGS v tabuľkovej forme na porovnanie vedľa seba.
Zhrnutie – NGS vs WGS
V posledných desaťročiach sa v súčasnom molekulárnom výskume bežne používali rôzne techniky sekvenovania. A dokonca sú to veľmi výkonné nástroje pre mnohé klinické aplikácie. NGS a WGS sú dve metódy sekvenovania, ktoré sa v súčasnosti začleňujú do mnohých genomických projektov. NGS je sekvencovacia technológia druhej generácie, ktorá má vysokú priepustnosť, nízku cenu a rýchlosť. Na druhej strane, WGS je metóda analýzy celej genómovej DNA alebo úplnej genómovej DNA bunky naraz pomocou sekvenčných techník, ako je Sangerovo sekvenovanie, brokovnicový prístup alebo vysokovýkonné NGS sekvenovanie. Toto je zhrnutie rozdielu medzi NGS a WGS.
