Kľúčový rozdiel – stohovací gél a separačný gél
Pojmy stohovací gél a separačný gél sa používajú na vysvetlenie techniky SDS-PAGE. SDS-PAGE alebo elektroforéza na polyakrylamidovom géli s dodecylsulfátom sodným je laboratórna technika, ktorá sa používa na separáciu proteínových molekúl na základe ich molekulových hmotností. Teória za touto technikou je, že proteíny s rôznymi molekulovými hmotnosťami vykazujú rôzne rýchlosti migrácie; molekuly s nízkou molekulovou hmotnosťou migrujú rýchlejšie, zatiaľ čo molekuly s vysokou molekulovou hmotnosťou migrujú pomaly. Médium na migráciu je gél. Existujú dva typy gélov pomenované ako stohovací gél a separačný gél. Kľúčový rozdiel medzi stohovacím gélom a separačným gélom je ten, že pH stohovacieho gélu je 6,8, zatiaľ čo pH separačného gélu je 8,8.
Čo je stohovací gél?
Stacking gel je nízko koncentrovaný polyakrylamidový gél, ktorý sa pri technike SDS-PAGE umiestňuje na vrch koncentrovanejšieho rozpúšťacieho gélu (separačného gélu). Stohovací gél sa používa na zlepšenie rozlíšenia elektroforézy. Rozlíšenie sa zvyšuje kvôli rozdielu medzi koncentráciami stohovacieho gélu a rozdeľovacieho gélu, ktoré ovplyvňujú proteíny vo vzorke. Pretože koncentrácia polyakrylamidu v stohovacom géli je nízka, veľkosť pórov je vyššia. To tiež pomáha zvýšiť oddelenie.
Stohovací gél je sypký polyakrylamidový gél s veľkými pórmi s obsahom asi 7 % polyakrylamidu. Tieto póry nepôsobia ako významná bariéra pre veľké proteínové molekuly. Preto tento gél mierne ovplyvňuje mobilitu týchto proteínov. To umožňuje separáciu podľa mobility a veľkosti proteínu ich koncentráciou medzi dva gély.
Obrázok 01: SDS-PAGE Akrylamidový gél
Hodnota pH stohovacieho gélu je 6,8. Jeho pH je kyslé ako u rozpúšťacieho gélu o 2 jednotky pH. Toto pH znamená nižšiu iónovú silu, a teda vyšší elektrický odpor. To vyvoláva mobilitu proteínov ako iné nabité častice prítomné v géli.
Čo je separačný gél?
Separačný gél alebo rozlišovací gél techniky SDS-PAGE je vysoko koncentrovaný polyakrylamidový gél, ktorý je umiestnený na vrchu nízko koncentrovaného stohovacieho gélu. Separačný gél obsahuje vysoké množstvo polyakrylamidu (10%). Hodnota pH tohto gélu je udržiavaná na hodnote pH=8,8, čo je vyššia úroveň pH ako pri vrstvenom géle.
Obrázok 02: Prístroj na gélovú elektroforézu
Keď molekuly proteínu dosiahnu separačný gél, migrácia týchto molekúl sa spomalí, pretože separačný gél je vysoko koncentrovaný gél s malou veľkosťou pórov, ktorý môže pôsobiť ako značná bariéra pre pohyb molekúl proteínu. Toto spomalenie umožňuje ostatným proteínom migrovať pomaly, aby ich dobehli, čo vedie k úzkemu, koncentrovanému pásu medzi dvoma gélmi.
Aký je vzťah medzi stohovacím gélom a separačným gélom?
Typy stohovacieho gélu aj separačného gélu sa používajú v rovnakom zariadení
Aký je rozdiel medzi stohovacím gélom a separačným gélom?
Stohovací gél vs separačný gél |
|
| Stacking gel je nízko koncentrovaný polyakrylamidový gél, ktorý sa pri SDS-PAGE technike umiestňuje na vrch koncentrovanejšieho rozlišovacieho gélu (separačného gélu). | Separačný gél alebo rozlišovací gél techniky SDS-PAGE je vysoko koncentrovaný polyakrylamidový gél, ktorý je umiestnený na vrchu nízko koncentrovaného stohovacieho gélu. |
| Umiestnenie | |
| Stohovací gél sa nanáša na rozlišovací (separačný) gél. | Separačný gél je umiestnený na dne nádoby používanej na gélovú elektroforézu. |
| Koncentrácia | |
| Koncentrácia stohovacieho gélu je vysoká. | Koncentrácia separačného gélu je nízka. |
| Obsah polyakrylamidu | |
| Stohovací gél obsahuje asi 7% polyakrylamidu. | Separačný gél obsahuje asi 10% polyakrylamidu. |
| pH | |
| Hodnota pH stohovacieho gélu je 6,8. | Pl separačného gélu je 8,8. |
| Veľkosť pórov | |
| V géli na stohovanie sú veľké póry. | V separačnom géli sú malé póry. |
| Rozlíšenie | |
| Stohovací gél poskytuje lepšie rozlíšenie. | Separačný gél poskytuje zlé rozlíšenie. |
Zhrnutie – Stohovací gél verzus separačný gél
Stohovací gél a separačný gél sú dva typy polyakrylamidových gélov, ktoré sa používajú na dosiahnutie lepšej separácie proteínových molekúl v danej vzorke. Rozdiel medzi stohovacím gélom a separačným gélom je ten, že pH stohovacieho gélu je 6,8, zatiaľ čo pH separačného gélu je 8,8.
