Kľúčový rozdiel medzi synténiou a kolinearitou je v tom, že synténia je fyzická ko-lokalizácia genetických lokusov na tom istom chromozóme u druhov, zatiaľ čo kolinearita je fyzická ko-lokalizácia genetických lokusov na rovnakom chromozóme u rôznych druhov zachovávajúcich rovnaká objednávka.
Synténia a kolinearita sú dva pojmy, ktoré sa v genomike používajú zameniteľne. Oba termíny opisujú vzory lokalizácie génov na chromozómoch u rôznych druhov. Tieto súvisiace usporiadanie génov medzi taxónmi sú cennými informáciami pri odvodzovaní spoločného pôvodu génov. Synteny sa týka fyzickej spoločnej lokalizácie genetických lokusov na rovnakom chromozóme u druhov. Kolinearita sa týka fyzickej spoločnej lokalizácie genetických lokusov na rovnakom chromozóme v rôznych druhoch zachovávajúcich rovnaké poradie. Preto je to forma synténie.
Čo je Synteny?
U rôznych druhov existuje súbor génov umiestnených na rovnakom chromozóme. A táto fyzická ko-lokalizácia génov na rovnakom chromozóme u rôznych druhov je známa ako synténia. Tieto gény sa tiež nachádzajú veľmi blízko seba na jednom chromozóme. Poradie génov nemusí byť nevyhnutne rovnaké. Ale lokalizácia génov blízko seba na tom istom chromozóme prebieha v synténe. Preto synténia opisuje hlavne distribučný vzor génov na chromozóme. Tieto vzory spoločnej lokalizácie génov naznačujú vzťahy medzi rôznymi druhmi a ich vývoj. Synténa však môže byť narušená v dôsledku chromozomálnych preskupení, ako sú translokácie, inverzia a fúzia chromozómov atď. duplikácie, strata a nerovnaká homológna rekombinácia.
Obrázok 01: Synteny
Verí sa, že všetky spojené gény sú syntenické. Nie všetky syntenické gény sú však nevyhnutne spojené. Majú spoločné chromozómové sekvencie. Ľudia majú veľa syntenických génov s inými cicavcami. Navyše mnohé obilniny majú syntenické gény.
Čo je kolinearita?
Kolinearita je špecifickejšia forma synténie, v ktorej je súbor génov umiestnený na rovnakom chromozóme rôznych druhov v rovnakom poradí ako u rodových druhov. Preto, ak existuje odchýlka od kolinearity, bude to spoľahlivejší fylogenetický charakter, pretože kolinearita vysvetľuje spoločný pôvod génov.
Obrázok 02: Kolinearita
Analýza viaccestnej kolinearity poskytuje oveľa spoľahlivejšie informácie o príbuzných druhoch a ich fylogenéze.
Aké sú podobnosti medzi synteniou a kolinearitou?
- V synténii aj kolinearite sa súbor lokusov v dvoch rôznych druhoch nachádza na rovnakom chromozóme.
- Tieto výrazy popisujú fyzickú spoločnú lokalizáciu genetických lokusov na tom istom chromozóme.
- Kolinearita je špecifickejšia forma synténie.
- Oba termíny sa v genomike niekedy používajú zameniteľne.
- Ak majú dve oblasti kolinearitu, sú zjavne synténne.
- Sú užitočné pri odvodzovaní fylogenézy.
Aký je rozdiel medzi Synteny a kolinearitou?
Synténia a kolinearita sú dva pojmy, ktoré sa v genomike používajú zameniteľne. Synteny sa týka fyzickej spoločnej lokalizácie súboru génov v rovnakom chromozóme u rôznych druhov. Kolinearita je forma synténie, v ktorej je súbor génov ko-lokalizovaný v rovnakom poradí medzi rôznymi druhmi. Preto je toto kľúčový rozdiel medzi synténiou a kolinearitou.
Zhrnutie – Synteny vs Kolinearita
Pojmy synténia a kolinearita označujú súbor génov, ktoré sa nachádzajú na rovnakom chromozóme u rôznych druhov. V skutočnosti sú tieto gény lokalizované v rovnakom chromozóme u rôznych druhov. Synteny opisuje fyzickú spoločnú lokalizáciu génov na rovnakom chromozóme v rôznych druhoch, zatiaľ čo kolinearita je špecifickejšia forma synténie, v ktorej sú sady génov ko-lokalizované v rovnakom poradí. Toto sumarizuje rozdiel medzi synténiou a kolinearitou.
