Kľúčový rozdiel medzi Rho dependentným a Rho nezávislým ukončením je ten, že pri Rho dependentnom ukončení sa Rho faktor viaže s transkriptom a ukončuje transkripciu prerušením vodíkových väzieb medzi templátom a transkriptom, zatiaľ čo Rho nezávislé ukončenie ukončuje transkripciu vytvára vlásenkovú slučkovú štruktúru a potom oblasť bohatú na U v prepise.
Trankripcia je jedným z dvoch štádií génovej expresie. Je to proces, ktorý produkuje sekvenciu mRNA z genetickej informácie ukrytej v sekvencii DNA génu. Transkripcia prebieha v troch krokoch: iniciácia, predĺženie a ukončenie. Enzým RNA polymeráza sa viaže na promótorovú sekvenciu génu a začína katalyzovať syntézu vlákna RNA. Kým sa nenájde terminátorová sekvencia, RNA polymeráza pridáva nukleotidy a vytvára vlákno RNA. U prokaryotov k ukončeniu dochádza prostredníctvom dvoch hlavných ukončovacích stratégií: ukončenie závislé od Rho a ukončenie nezávislé od Rho. Rho faktor je proteín, ktorý má helikázovú aktivitu.
Čo je ukončenie závislé od Rho?
Rho závislá terminácia je jedným z dvoch typov stratégie ukončenia transkripcie vyskytujúcich sa u prokaryotov. Rho faktor je proteín, ktorý má helikázovú aktivitu.
Obrázok 01: Zrušenie závislé od Rho
Proteín Rho sa viaže na transkript RNA a pohybuje sa pozdĺž RNA polymerázy v smere 5'-3', čím podporuje disociáciu vodíkových väzieb medzi templátom DNA a transkriptom RNA. Keď faktor Rho dosiahne transkripčnú bublinu, oddelí hybrid DNA/RNA a uvoľní transkript z transkripčnej bubliny. Keď k tomu dôjde, prepis sa ukončí.
Čo je nezávislé ukončenie Rho?
Nezávislé ukončenie Rho je druhou stratégiou, ktorá ukončuje prokaryotickú transkripciu. Obvykle má terminátorová oblasť invertovanú opakujúcu sa sekvenciu. Bezprostredne po invertovanej opakujúcej sa sekvencii existuje oblasť bohatá na adenín (AAAA). Keď sa RNA polymeráza pohybuje dopredu, vytvára sekvenciu mRNA. Pretože tieto dve oblasti sú komplementárne v oblasti invertovanej repetitívnej sekvencie, vytvára štruktúru vlásenkovej slučky v dôsledku vodíkovej väzby. Ďalším regiónom bude región U bohatých. Štruktúra vlásenky zastavuje aktivitu RNA polymerázy.
Obrázok 02: Nezávislé ukončenie Rho
Okrem toho v oblastiach bohatých na U existujú slabé interakcie medzi bázami U transkriptu a bázami A templátu. Tieto slabé väzby adenín-uracil destabilizujú templát DNA a transkript RNA a navzájom sa oddeľujú. Na konci sa prepis uvoľní z miesta prepisu.
Aké sú podobnosti medzi ukončením Rho závislým a nezávislým Rho?
- Rho dependentné a Rho nezávislé ukončenie sú dve hlavné terminačné stratégie, ktoré sa nachádzajú u prokaryotov.
- Obe formy uvoľňujú transkript zo šablóny DNA na ukončenie transkripcie.
Aký je rozdiel medzi Rho závislým a Rho nezávislým ukončením?
Rho dependentné ukončenie je sprostredkované Rho proteínom, zatiaľ čo Rho nezávislé ukončenie nastáva prostredníctvom vytvorenia vlásenkovej slučky. Toto je kľúčový rozdiel medzi ukončením závislým od Rho a nezávislým ukončením Rho. Okrem toho proteín Rho využíva energiu ATP, zatiaľ čo nezávislé ukončenie Rho nezahŕňa proteín Rho a nevyužíva energiu ATP. Preto je to tiež významný rozdiel medzi Rho závislým a Rho nezávislým ukončením.
Nižšie uvedená infografika zobrazuje ďalšie porovnania súvisiace s rozdielom medzi Rho závislým a Rho nezávislým ukončením.
Súhrn – Rho Dependent verzus Rho Independent Termination
Rho dependentné a Rho nezávislé ukončenie sú dva hlavné mechanizmy ukončenia transkripcie vyskytujúce sa u prokaryotov. Rho proteín je zodpovedný za ukončenie transkripcie v Rho dependentnom ukončení. Na rozdiel od toho k Rho nezávislému ukončeniu dochádza prostredníctvom vytvorenia štruktúry vlásenkovej slučky. Toto je kľúčový rozdiel medzi ukončením závislým od Rho a nezávislým ukončením Rho.
