Kľúčový rozdiel medzi linkerom a adaptérom je v tom, že linker nemá súdržné konce, zatiaľ čo adaptér má jeden súdržný koniec.
DNA ligácia je proces spojenia dvoch molekúl DNA dohromady, čím sa vytvárajú fosfodiesterové väzby. Enzým nazývaný DNA ligáza katalyzuje túto reakciu. Je to jeden z kritických krokov v moderných oblastiach molekulárnej biológie, ako je technológia rekombinantnej DNA a klonovanie DNA. Účinnosť ligácie závisí od koncov molekúl DNA, ktoré sa majú ligovať. Existujú dva typy koncov DNA ako lepkavé konce a tupé konce. Účinnosť ligácie je vysoká s lepkavými koncami ako s tupými koncami. Ak majú cieľové molekuly DNA tupé konce, budú užitočné molekuly nazývané adaptéry alebo linkery. Adaptéry a linkery sú chemicky syntetizované oligonukleotidové molekuly, ktoré pomáhajú pri ligácii DNA. Majú tiež vnútorné reštrikčné miesta. Adaptér má jeden lepivý koniec a jeden tupý koniec, zatiaľ čo linker má dva tupé konce.
Čo je to linker?
Linker je chemicky syntetizovaná oligonukleotidová sekvencia, ktorá je dvojvláknová. Linker má dva tupé konce. Linker sa používa na ligáciu molekúl DNA, ktoré majú tupé konce, k vektorom. Obsahuje jedno alebo viac vnútorných reštrikčných miest. Tieto reštrikčné miesta fungujú ako rozpoznávacie miesta pre reštrikčné enzýmy.
Obrázok 01: Linker
Po ligácii sa DNA opäť obmedzí reštrikčnými enzýmami, aby sa vytvorili kohézne konce. EcoRI-linkery a sal-I linkery sú bežne používané linkery.
Čo je to adaptér?
Adaptér je dvojvláknová oligonukleotidová sekvencia používaná na spojenie dvoch molekúl DNA. Je to krátka sekvencia s jedným tupým koncom a jedným lepkavým alebo súdržným koncom. Preto sa skladá z jednovláknového chvosta na jednom konci, ktorý zvyšuje účinnosť ligácie DNA.
Obrázok 02: Ligácia DNA pomocou adaptéra
Adaptér má navyše interné reštrikčné miesta. Preto po ligácii môže byť DNA obmedzená vhodnými reštrikčnými enzýmami, aby sa vytvoril nový vyčnievajúci koniec. Jednou nevýhodou adaptérov je, že dva adaptéry môžu vytvárať stmievače spárovaním základne so sebou. Tomuto sa dá vyhnúť, ak ich ošetríte enzýmom nazývaným alkalická fosfatáza.
Aké sú podobnosti medzi linkerom a adaptérom?
- Linker aj adaptér sú dvojvláknové krátke oligonukleotidové sekvencie.
- Majú interné obmedzovacie stránky.
- Okrem toho sú to chemicky syntetizované molekuly DNA a sú to syntetické molekuly.
- Môžu spojiť dve molekuly DNA dohromady.
- Po ligácii linkerov a adaptérov sa DNA opäť obmedzí reštrikčnými enzýmami, aby sa vytvorili lepkavé konce.
Aký je rozdiel medzi linkerom a adaptérom?
Linker je chemicky syntetizovaný krátky oligonukleotidový duplex s dvoma tupými koncami. Adaptér je chemicky syntetizovaný krátky oligonukleotidový duplex s jedným lepkavým koncom a jedným tupým koncom. Toto je kľúčový rozdiel medzi linkerom a adaptérom. Navyše, adaptéry môžu tvoriť diméry, zatiaľ čo linkery netvoria diméry. Toto je ďalší významný rozdiel medzi linkerom a adaptérom.
Nižšie je súhrn rozdielov medzi linkerom a adaptérom vo forme tabuľky.
Zhrnutie – Linker vs adaptér
Linker a adaptér sú dva typy chemicky syntetizovaných oligonukleotidov, ktoré sú užitočné pri ligácii tupých koncov DNA. Linker má dva tupé konce, zatiaľ čo adaptér má jeden tupý koniec a jeden súdržný koniec. Toto je kľúčový rozdiel medzi linkerom a adaptérom. Sú to dvojvláknové molekuly, ktoré majú vnútorné reštrikčné miesta. Sú široko používané v technológii rekombinantnej DNA a klonovaní DNA.
