Kľúčový rozdiel medzi LINE a SINE je v tom, že LINE (dlhé rozptýlené jadrové prvky) sú typom dlhších retrotranspozónov bez LTR, zatiaľ čo SINE (krátke rozptýlené jadrové prvky) sú typom oveľa kratších retrotranspozónov bez LTR.
Retrotranspozóny bez LTR neobsahujú dlhé terminálne opakovania (LTR). Obsahujú však gény pre reverznú transkriptázu, proteín viažuci RNA, nukleázu a H doménu ribonukleázy. Non-LTR retrotranspozóny majú krátke opakovania. Tieto opakovania majú obrátené poradie báz vedľa seba. Okrem toho, non-LTR retrotranspozóny majú tiež priame opakovania nachádzajúce sa v LRT transpozónoch. Retrotranspozóny bez LTR spadajú do dvoch kategórií ako LINES a SINE.
Čo sú LINKY?
LINES (dlhé rozptýlené jadrové prvky) sú dlhšie retrotranspozóny bez LTR. Sú rozšírené v genómoch eukaryotov. Zvyčajne tvoria 21,1 % ľudského genómu. Každá LINE má dĺžku približne 7000 párov báz. LINE sa môžu prepísať do mRNA a preložiť do proteínu, ktorý môže fungovať ako enzým reverznej transkriptázy. Táto reverzná transkriptáza produkuje DNA kópie LINEs RNA. Tieto kópie DNA môžu byť integrované do genómu na novom mieste.
Obrázok 01: ČIARY a SINES
Ľudský genóm má iba jednu bohatú LÍNIU nazývanú LINE-1. Prvok LINE-1 má dĺžku približne 6000 párov báz. V ľudskom genóme je okolo 100 000 skrátených prvkov LINE-1. V LINE sa môže vyskytnúť náhodná mutácia. V dôsledku náhodných mutácií môžu LINE degenerovať. Už sa neprepisujú ani neprekladajú. Okrem toho sú LINKY zoskupené do piatich hlavných skupín, ako sú L1, RTE, R2, I a džokej. Týchto päť skupín sa ďalej delí na ďalších 28 kladov.
Linky sa bežne šíria prostredníctvom mechanizmu nazývaného mechanizmus reverznej transkripcie primovaný cieľom (TPRT). Vloženie LINES spôsobuje ľudské choroby, ako je hemofília A, rakovina, mendelovské poruchy atď. Hypometylácia LINE tiež spúšťa určité typy rakoviny.
Čo sú SINE?
SINE (krátke rozptýlené jadrové prvky) sú typom oveľa kratších retrotranspozónov bez LTR. Majú dĺžku asi 100 až 700 párov báz. SINE sú tiež prvky DNA, ktoré sa amplifikujú v eukaryotických genómoch prostredníctvom medziproduktov RNA. SINE tvoria asi 13 % genómu cicavcov. Vnútorné oblasti SINE pochádzajú z tRNA. Zostáva vysoko zachovaný. Často sú prítomné u mnohých druhov stavovcov a bezstavovcov. Variácie počtu kópií a mutácie v SINE môžu byť začlenené na vytvorenie klasifikácie druhov založenej na fylogenéze.
SINE je možné zoskupiť do troch hlavných typov: CORE-SINE, V-SINE a AmnSINE. Prvok Alu je najbežnejším SINE u primátov. Okrem toho existuje viac ako 50 ľudských chorôb spojených so zavedením SINE. Keď sa vložia do exónov alebo do ich blízkosti, môžu spôsobiť nesprávny zostrih alebo zmeniť čítací rámec. To vedie k chorobným fenotypom, ako je rakovina prsníka, rakovina hrubého čreva, leukémia, hemofília, cystická fibróza, rakovina hrubého čreva, Dentova choroba, neurofibromatóza atď.
Aké sú podobnosti medzi čiarami a SINE?
- LINE a SINEsú dva typy retrotranspozónov bez LTR.
- Obaja nemajú dlhé koncové oblasti (LTR).
- Obaja sa vyskytujú prevažne iba v eukaryotoch.
- Obaja nie sú autonómne.
Aký je rozdiel medzi RIADKAMI a SINE?
LINE sú dlhšie retrotranspozóny bez LTR, zatiaľ čo SINE sú oveľa kratšie retrotranspozóny bez LTR. Toto je kľúčový rozdiel medzi LINES a SINE. Okrem toho LINES kóduje enzým reverznej transkriptázy, zatiaľ čo SINE nekóduje enzým reverznej transkriptázy. Toto je ďalší rozdiel medzi LINES a SINE.
Viac rozdielov medzi LINES a SINE sú uvedené nižšie v tabuľkovej forme na porovnanie vedľa seba.
Summary – LINEs vs SINEs
Retrotranspozóny sa nachádzajú hlavne vo všetkých eukaryotoch, ale chýbajú v prokaryotoch. Približne 37 % ľudského genómu obsahuje retrotranspozóny. Retrotranspozóny sú hlavne dva typy: LTR a non-LTR retrotranspozóny. Non-LTR retrotranspozóny neobsahujú dlhé terminálne opakovania (LTR), ktoré sú prítomné v LTR retrotranspozónoch. Non-LTR retrotranspozóny sa ďalej delia do dvoch kategórií: LINEs a SINE. LINE sú dlhšie retrotranspozóny bez LTR, zatiaľ čo SINE sú oveľa kratšie retrotranspozóny bez LTR. Toto je zhrnutie rozdielu medzi LINES a SINE.
