Kľúčový rozdiel medzi guanidíntiokyanátom a guanidínhydrochloridom je v tom, že guanidíntiokyanát je silnejší proteínový denaturant, ktorý sa častejšie používa pri izolácii RNA, zatiaľ čo guanidínhydrochlorid je slabší proteínový denaturant, ktorý sa pri izolácii RNA používa menej.
Denaturácia je proces, pri ktorom proteíny strácajú svoju kvartérnu štruktúru, terciárnu štruktúru a sekundárnu štruktúru, ktorá je normálne prítomná v ich prirodzenom stave. Môže sa to uskutočniť aplikáciou niektorých vonkajších stresov alebo zlúčenín, ako je silná kyselina alebo zásada, koncentrovaná anorganická soľ, organické rozpúšťadlo (alkohol, chloroform), miešanie, žiarenie alebo teplo. Guanidín tiokyanát a guanidín hydrochlorid sú dva rôzne typy proteínových denaturantov.
Čo je guanidíntiokyanát?
Guanidíntiokyanát (GTC) je silnejšie činidlo denaturujúce proteíny, ktoré sa častejšie používa pri izolácii RNA. Je tiež známy ako guanidinium izotiokyanát (GITC). Keďže ide o chaotropné činidlo, ide o chemickú zlúčeninu, ktorá sa bežne používa ako všeobecný denaturant bielkovín. Chaotropné činidlo je molekula vo vodnom roztoku, ktorá môže narušiť sieť vodíkových väzieb medzi molekulami vody. To má vplyv na stabilitu natívneho stavu iných molekúl v roztoku, ako sú makromolekuly, ako sú proteíny a nukleové kyseliny, oslabením hydrofóbneho účinku. Chaotropné činidlá, ako je guanidíntiokyanát, znižujú množstvo usporiadania v štruktúre proteínu tvoreného molekulami vody ako vo veľkom, tak aj v hydratačných obaloch okolo hydrofóbnych aminokyselín. To môže spôsobiť denaturáciu bielkovín.
Guanidíntiokyanát sa môže použiť na deaktiváciu vírusov, ako je chrípka, ktorá spôsobuje ochorenia ako španielska chrípka v roku 1918. Preto môže byť použitý v lekárskych alebo nemocničných zariadeniach. Okrem toho sa guanidíntiokyanát používa aj na lýzu buniek a vírusových častíc pri extrakciách RNA a DNA. Tu je funkciou guanidíntiokyanátu napomáhať lyzačnému účinku a zabrániť aktivite enzýmov RNázy a enzýmov DNázy denaturáciou. Tieto enzýmy by inak poškodili extrakt (RNA alebo DNA).
Čo je guanidín hydrochlorid?
Guanidín hydrochlorid (GdnHCl) je slabší proteínový denaturant, ktorý sa menej bežne používa na izoláciu RNA. Je tiež známy ako guanidíniumchlorid (GdmCl). Je to hydrochloridová soľ guanidínu. Guanidín hydrochlorid je chaotropný a jeden z denaturantov používaných vo fyzikálno-chemických štúdiách skladania proteínov.
Obrázok 01: Guanidín hydrochlorid
Guanidín hydrochlorid má tiež schopnosť znižovať aktivitu enzýmov a zvyšovať rozpustnosť hydrofóbnych molekúl. Normálne pri vyšších koncentráciách hydrochloridu guanidínu strácajú proteíny svoju usporiadanú štruktúru. Proteíny majú tendenciu sa náhodne zvinúť pri tejto koncentrácii hydrochloridu guanidínu. V lekárskych alebo nemocničných zariadeniach je guanidín hydrochlorid indikovaný na zníženie symptómov svalovej slabosti a ľahkej únavnosti spojených s Eaton-Lambertovým syndrómom. Okrem toho vedľajšie účinky užívania guanidín hydrochloridu môžu zahŕňať perist altiku, hnačku a fatálny útlm kostnej drene.
Aké sú podobnosti medzi guanidíntiokyanátom a hydrochloridom guanidínu?
- Guanidíntiokyanát a guanidínhydrochlorid sú dva rôzne typy proteínových denaturantov.
- Oba denaturanty majú vo svojej štruktúre guanidín.
- Sú to chaotropní agenti.
- Na izoláciu RNA možno použiť oba denaturanty.
- Obe sa používajú v lekárskych alebo nemocničných zariadeniach.
Aký je rozdiel medzi guanidíntiokyanátom a guanidínhydrochloridom?
Guanidíntiokyanát je silnejšie činidlo na denaturáciu proteínov, ktoré sa častejšie používa pri izolácii RNA, zatiaľ čo hydrochlorid guanidínu je slabší proteínový denaturant, ktorý sa pri izolácii RNA používa menej. Toto je kľúčový rozdiel medzi guanidíntiokyanátom a hydrochloridom guanidínu. Okrem toho, chemický vzorec guanidíntiokyanátu je C2H6N4S, zatiaľ čo chemický vzorec hydrochloridu guanidínu je CH5N3HCl.
Nižšie uvedená infografika predstavuje rozdiely medzi guanidíntiokyanátom a guanidínhydrochloridom v tabuľkovej forme na porovnanie vedľa seba.
Zhrnutie – Guanidíntiokyanát vs guanidín hydrochlorid
Guanidíntiokyanát a guanidínhydrochlorid sú dva rôzne typy proteínových denaturantov. Obidva denaturanty sú chaotropy. Guanidín tiokyanát je silnejšie činidlo na denaturáciu proteínov, ktoré sa častejšie používa pri izolácii RNA, zatiaľ čo hydrochlorid guanidínu je slabší proteínový denaturant, ktorý sa pri izolácii RNA používa menej. Toto sumarizuje rozdiel medzi guanidíntiokyanátom a hydrochloridom guanidínu.
