Kľúčový rozdiel medzi farbením Coomassie a farbením striebrom je v tom, že farbenie Coomassie je technika farbenia na bielkoviny, ktorá využíva farbenie brilantnou modrou Coomassie, zatiaľ čo farbenie na rezanie je technika farbenia na bielkoviny, ktorá využíva strieborné farbenie.
Separácia a identifikácia bielkovín sú kritickými krokmi v analýze proteómov. Po gélovej elektroforéze potrebujú charakterizáciu proteínov s vysokým rozlíšením. Existuje množstvo techník farbenia, ktoré zahŕňajú rôzne škvrny, ako sú aniónové farbivá (coomassie brilantná modrá), katióny kovov (imidazol-zinok), farbenie striebrom a fluorescenčné farbivá atď. Niekedy sa môžu použiť aj rádioaktívne sondy. Výber techniky farbenia závisí od jednoduchosti, dostupnosti zobrazovacieho zariadenia v laboratóriu atď.
Čo je farbenie Coomassie?
Coomassie farbenie je technika farbenia proteínov, ktorá využíva farbenie brilantnou modrou coomassie. Všeobecne sa nazýva technika coomassie blue. Coomassie brilantná modrá je najobľúbenejšie aniónové proteínové farbivo. Toto farbivo normálne farbí takmer všetky proteíny s dobrou kvantitatívnou linearitou pri strednej citlivosti. Farba Coomassie brilantná modrá sa nešpecificky viaže na takmer všetky proteíny. Existujú dva rôzne varianty moridla coomassie brilantná modrá: R-250 a G-250. R-250 ponúka kratšie časy farbenia, zatiaľ čo G-250 je dostupný v citlivejších a ekologickejších formuláciách.
Obrázok 01: Farbenie Coomassie
Coomassie farbivá sú veľmi populárne v štúdiách hmotnostnej spektrometrie a štúdiách identifikácie proteínov. Navyše, biologicky bezpečné farbivo Coomassie je zdravotne nezávadná formulácia Coomassie blue G-250, ktorá je v súčasnosti dostupná na trhu. Výhodou tejto formulácie je, že na oplachovanie a odfarbovanie vyžaduje iba vodu. Biologicky bezpečné farbivo Coomassie ponúka citlivosť ekvivalentnú konvenčnej modrej Coomassie G-250, ale lepšiu ako farbivo Coomassie R-250. Okrem toho má jednoduchší a rýchlejší protokol farbenia ako konvenčná modrá Coomassie G-250. Nevýhodou farbenia coomassie modrou je, že je menej citlivá v porovnaní s farbením striebrom. Farbenie Coomassie modrou je približne 50-krát menej citlivé ako farbenie striebrom. Pre svoju jednoduchosť viazania je však preferovaný v mnohých štúdiách.
Čo je farbenie striebrom?
Sfarbenie striebrom je technika farbenia proteínom, ktorá využíva strieborné farbenie. Farbenie striebrom sa používa na farbenie agarózových aj polyakrylamidových gélov. Strieborné farbenie proteínov v agarózových géloch prvýkrát vyvinuli v roku 1973 Kerenyi a Gallyas. Neskôr bol prispôsobený pre proteíny v polyakrylamidových géloch, ktoré sa používajú v SDS-PAGE. V súčasnosti sa farbenie striebrom používa aj na farbenie DNA alebo RNA. Aby sa gély zafarbili, pri tejto metóde sa gély inkubujú s roztokom dusičnanu strieborného. Strieborné zafarbenie farbí miesta, kde sú prítomné proteíny, od hnedej po čiernu.
Obrázok 02: Strieborné farbenie
Intenzita sfarbenia striebrom závisí od primárnej štruktúry proteínu. Okrem toho môže kvalita farbenia striebrom ovplyvniť aj čistota použitých nádob a čistota činidiel. Nevýhodou farbenia striebrom je však to, že nedokáže detegovať všetky proteíny, najmä glykoproteíny a proteíny s veľkými modifikovanými skupinami pripojenými k ich bočným reťazcom.
Aké sú podobnosti medzi farbením Coomassie a striebrom?
- Coomassie a farbenie striebrom sú dve techniky používané pri farbení bielkovín.
- Môžu zafarbiť bielkoviny aj DNA.
- Obe techniky farbenia majú svoje nevýhody.
- Tieto techniky majú podobné kroky, ako je fixácia, farbenie a odfarbovanie.
Aký je rozdiel medzi farbením Coomassie a striebrom?
Coomassie farbenie je technika farbenia proteínom, ktorá využíva farbenie brilantnou modrou coomassie, zatiaľ čo farbenie prameňom je technika farbenia proteínom, ktorá využíva farbenie striebrom. Toto je kľúčový rozdiel medzi farbením Coomassie a striebrom. Okrem toho je farbenie Coomassie menej citlivé ako farbenie striebrom.
Nasledujúca infografika uvádza rozdiely medzi farbením Coomassie a striebrom v tabuľkovej forme na porovnanie vedľa seba.
Súhrn – Coomassie vs Silver Stained
Na vizualizáciu proteínov je možné vykonať chemickú reakciu na viazanie farbiva alebo farbivo špecifickú pre proteín. Toto sa nazýva farbenie proteínov. Coomassie a farbenie striebrom sú dve techniky používané pri farbení proteínov. Technika farbenia Coomassie používa farbenie brilantnou modrou farbou Coomassie, zatiaľ čo farbenie prameňom používa strieborné farbenie. Toto je kľúčový rozdiel medzi farbením Coomassie a striebrom.
