Kľúčový rozdiel – RNASE A vs RNASE H
Ribonukleázy sú nukleázy, ktoré špecificky degradujú RNA na menšie jednotky. Možno ich rozdeliť do dvoch kategórií; endoribonukleázy a exoribonukleázy. Endoribonukleáza je endonukleáza, ktorá môže degradovať buď jednovláknovú alebo dvojvláknovú RNA. Štiepi fosfodiesterové väzby v polynukleotidovom reťazci RNA. Príkladmi sú RNáza A, RNáza III, RNáza T1, RNáza P a RNáza H. Exoribonukleáza je exonukleáza, ktorá degradovala RNA odstránením koncových nukleotidov buď z 5' konca alebo z 3' konca molekuly RNA. Príkladmi sú RNáza R, RNáza II, RNáza D a RNáza PH. Kľúčový rozdiel medzi RNASE A a RNASE H je v tom, že RNáza A je pankreatická ribonukleáza, ktorá špecificky degraduje jednovláknovú RNA na menšie zložky, zatiaľ čo RNáza H je nešpecifický enzým, ktorý štiepi RNA v hybride RNA-DNA na menšie jednotky prostredníctvom hydrolytický mechanizmus.
Čo je RNASE A?
RNáza A je pankreatická ribonukleáza, ktorá špecificky štiepi nepárové cytozínové a uracilové zvyšky na 3' konci jednovláknovej RNA. RNáza H pôsobí pri vyššej koncentrácii soli (koncentrácia NaCl 0,3 M alebo vyššia). Hydrolytická reakcia je dvojstupňová. Vytvára 3' fosforylovaný produkt cez 2', 3' cyklický monofosfátový medziprodukt. Hoci je špecifický pre jednovláknovú RNA pri vyššej koncentrácii soli, môže tiež degradovať dvojvláknovú RNA a RNA v hybride RNA-DNA pri nižšej koncentrácii NaCl (nižšej ako 0,3 M NaCl).
Bruce Merrifield ako prvý syntetizoval tento enzým. RNáza A je veľmi populárny enzým v molekulárnom výskume. Bovinná pankreatická RNáza A je príkladom RNázy A. A je to jeden z najodolnejších enzýmov, ktoré sa používajú v laboratóriu. Tento enzým pre svoju aktivitu nepotrebuje kofaktor. Je to vysoko termostabilný enzým. RNáza A je prvým enzýmom a tretím proteínom, pre ktorý bola detegovaná správna sekvencia aminokyselín. Tento enzým je veľmi malý so 124 aminokyselinami a molekulovou hmotnosťou 12 600 da. A má štyri histidínové zvyšky (His 12 a His 119, ktoré sa podieľajú na katalytickej reakcii).
Obrázok 01: RNáza A
RNáza A sa môže izolovať varením surovej vzorky. Keď sa varí, všetky ostatné enzýmy degradujú zostávajúcu RNázu A. RNáza A je úžasne stabilný enzým. Tento enzým inhibuje pomocou proteínu inhibítora ribonukleázy, komplexov ťažkých kovov a uridín-vanadičnanu.
Čo je RNáza H?
RNáza H je nešpecifický ribonukleázový enzým, ktorý môže degradovať RNA v hybride RNA-DNA prostredníctvom hydrolytickej reakcie. RNáza H štiepi 3'-O-P väzbu RNA v hybride RNA-DNA. Nakoniec produkuje 3'OH a 5' fosfátom ukončené produkty. Pri replikácii DNA hrá kľúčovú úlohu odstránením priméru RNA po vytvorení nových reťazcov DNA. V laboratórnych podmienkach špecificky degraduje RNA v hybride RNA-DNA, ale nie DNA a nehybridizovanú RNA. A tento enzým sa zvyčajne používa na zničenie templátu RNA po vytvorení prvého komplementárneho vlákna DNA počas syntézy cDNA.
Obrázok 02: RNase H
RNáza H sa používa aj v testoch ochrany nukleázy. Môže byť tiež začlenený do odstraňovania poly A chvosta z mRNA. RNáza H má schopnosť deštruovať nekódujúcu RNA vo vnútri aj mimo bunky. Kovové ióny sú potrebné ako kofaktory pre túto proteínovú aktivitu. Na inhibíciu enzýmu RNázy H možno použiť chelátor (EDTA).
Aké sú podobnosti medzi RNASE A a RNASE H?
- Obe majú bielkovinový charakter.
- Obaja sú endoribonukleáza
- Obaja môžu degradovať RNA.
- Obe vykonávajú hydrolytické reakcie.
- Molekulárne laboratóriá používajú oboje.
Aký je rozdiel medzi RNASE A a RNASE H?
RNASE A vs RNASE H |
|
| RNáza A je pankreatická ribonukleáza, ktorá špecificky štiepi 3' koniec nepárových cytozínových a uracilových zvyškov jednovláknovej RNA pri vyššej koncentrácii soli. | RNáza H je nešpecifický ribonukleázový enzým, ktorý môže degradovať RNA v hybride RNA-DNA prostredníctvom hydrolytickej reakcie. |
| Povaha štiepenia RNA | |
| RNáza A špecificky štiepi jednovláknovú RNA pri vyššej koncentrácii soli. | RNáza H štiepi RNA v hybride RNA-DNA. |
| Potreba kofaktorov pre aktivitu | |
| RNáza A nepotrebuje pre svoju činnosť kofaktory. | RNáza H potrebuje pre svoju aktivitu kovové ióny ako kofaktory. |
| Inhibítory proteínovej aktivity | |
| Proteínový inhibítor ribonukleázy, komplexy ťažkých kovov a uridín-vanadičnan inhibujú aktivitu RNázy A. | Chelátor (EDTA) inhibuje aktivitu RNázy H. |
| Odstránenie priméru RNA pri replikácii DNA | |
| RNáza A sa nepoužíva na odstránenie priméru RNA pri replikácii DNA. | RNáza H sa používa na odstránenie priméru RNA pri replikácii DNA |
| Odstránenie šablóny DNA v komplementárnej syntéze DNA (C-DNA) | |
| RNáza A sa nepoužíva na odstránenie templátu RNA počas syntézy komplementárnej DNA (C-DNA). | RNáza H sa používa na odstránenie templátu RNA počas syntézy komplementárnej DNA (C-DNA). |
| Odstránenie Poly-A-Tail v mRNA hybridizovanej na oligo (dt) | |
| RNáza A sa nepoužíva na odstránenie „poly-A chvosta“v mRNA hybridizovanej s oligo (dt). | RNáza H sa používa na odstránenie „poly-A chvosta“v mRNA hybridizovanej s oligo (dt) |
Zhrnutie – RNASE A vs RNASE H
Ribonukleázy sú nukleázové enzýmy, ktoré majú schopnosť štiepiť RNA na menšie jednotky. Sú to dva typy; endoribonukleázy a exoribonukleázy. Endoribonukleáza je endonukleáza, ktorá má schopnosť degradovať jednovláknovú alebo dvojvláknovú RNA. A štiepi fosfodiesterovú väzbu v polynukleotidovom reťazci RNA. RNáza A a RNáza H sú dve endoribonukleázy. RNáza A je pankreatická ribonukleáza, ktorá špecificky štiepi nepárové cytozínové a uracilové zvyšky na 3' konci jednovláknovej RNA pri vyššej koncentrácii soli. RNáza H je nešpecifický ribonukleázový enzým, ktorý môže degradovať RNA v hybride RNA-DNA prostredníctvom hydrolytickej reakcie. Toto je rozdiel medzi RNázou A a RNázou H.
Stiahnite si PDF RNASE A vs RNASE H
Verziu tohto článku si môžete stiahnuť vo formáte PDF a použiť ju na offline účely podľa citácie. Stiahnite si PDF verziu tu Rozdiel medzi RNASE A a RNASE H
