Kľúčový rozdiel medzi molekulárnym dokovaním a skórovaním je v tom, že dokovanie je technika používaná na určenie väzbovej afinity medzi dvoma molekulami, zatiaľ čo skórovanie je proces hodnotenia konkrétnej polohy spočítaním počtu priaznivých medzimolekulových interakcií.
Pojmy molekulárne dokovanie a skórovanie sa používajú v oblasti molekulárneho modelovania. Molekulové modelovanie je technika používaná na určenie možných usporiadaní rôznych molekúl v danej látke. Táto technika je dôležitá pri vytváraní nových stabilných zlúčenín.
Čo je molekulárne dokovanie?
Molekulárne dokovanie je výpočtová simulácia väzby kandidátneho ligandu na receptor. Táto metóda predpovedá preferovanú orientáciu jednej molekuly na inú molekulu, keď sú navzájom naviazané, aby vytvorili stabilný komplex. Výsledky získané touto technikou sa môžu použiť na predpovedanie sily asociácie alebo väzbovej afinity medzi dvoma molekulami. Tu je dôležitá aj funkcia molekulárneho bodovania.
Obrázok 01: Jednoduchý diagram znázorňujúci proces molekulárnych interakcií v biologických systémoch
Vo všeobecnosti táto technika berie do úvahy biologicky relevantné molekuly, ako sú proteíny, peptidy, nukleové kyseliny, sacharidy a lipidy. Tieto molekuly sú veľmi dôležité a hrajú dôležitú úlohu v mechanizmoch prenosu signálu v našom tele. Preto orientácia dvoch molekúl, ktoré sa budú viazať pre tento proces prenosu signálu, ovplyvňuje typ signálu, ktorý sa tu vytvára. To znamená; molekulárne dokovanie je dôležité pri určovaní sily aj typu signálu produkovaného počas prenosu signálu v biologických systémoch.
Pri navrhovaní liekov založených na štruktúre sú navyše dôležité techniky molekulárneho dokovania. Je to kvôli jeho predvídateľnosti väzbovej konformácie malých molekúl, ako sú ligandy, na vhodné väzbové miesto.
Čo je molekulárne skórovanie?
Molekulárne skórovanie je typ matematickej funkcie, ktorá je užitočná pri hodnotení postupu molekulárneho dokovania. V oblasti výpočtovej chémie sa skórovacie funkcie používajú na predpovedanie väzbovej afinity medzi dvoma molekulami po procese dokovania. Napríklad, ak máme malú molekulu časticového liečiva a existuje biologický cieľ, ako je proteín, môžeme vyhodnotiť afinitu liečiva k väzbovému miestu. Okrem toho možno molekulárne skórovanie použiť na predpovedanie intermolekulárnych interakcií medzi dvoma proteínmi alebo medzi proteínom a molekulami DNA.
Obrázok 02: Funkcia bodovania v skratke
Hlavné uplatnenie molekulárneho bodovania je v procesoch navrhovania liekov – napríklad virtuálny skríning, de novo navrhovanie, optimalizácia potenciálnych zákazníkov atď.
Aký je rozdiel medzi molekulárnym dokovaním a skórovaním?
Molekulárne dokovanie a skórovanie sú dôležité pri molekulárnom modelovaní. Kľúčový rozdiel medzi molekulárnym dokovaním a skórovaním je v tom, že dokovanie je technika používaná na určenie väzbovej afinity medzi dvoma molekulami, zatiaľ čo skórovanie je proces hodnotenia konkrétnej pozície spočítaním počtu priaznivých medzimolekulových interakcií.
Nasledujúca infografika sumarizuje rozdiel medzi molekulárnym dokovaním a skórovaním.
Súhrn – Molekulárne dokovanie vs. skórovanie
Molekulárne dokovanie a skórovanie sú dôležité pri molekulárnom modelovaní. Kľúčový rozdiel medzi molekulárnym dokovaním a skórovaním je v tom, že dokovanie je technika používaná na určenie väzbovej afinity medzi dvoma molekulami, zatiaľ čo skórovanie je proces hodnotenia konkrétnej pozície spočítaním počtu priaznivých medzimolekulových interakcií.
